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鸡白痢是由鸡白痢沙门氏杆菌(Salmonella pullorum)引起的禽类疾病。该病是一种严重危害现代家禽产业的细菌性疾病,给养鸡业带来巨大的危害和严重的经济损失。尽管目前我们对鸡白痢病因学、流行病学等有了较为清楚了解,而且在预防和治疗上有了相对系统的措施和方法,但对鸡白痢感染宿主的遗传基础和分子机制仍不清楚。特别是在实际生产中,绝大多数育种场都用全血平板抗原抗体凝集方法检测鸡只个体是否感染鸡白痢,并通过清除阳性鸡只来净化群体,这种方法不仅检测人力和物力成本高,而且敏感性和准确性差,能否彻底阻断垂直传播途径值得怀疑和深入研究。本研究以300日龄新浦东鸡为实验群体,根据全血平板凝集试验的结果,随机选择300只新浦东鸡(150只母鸡阴性个体,150只母鸡阳性个体)作为实验对象,对其血液基因组DNA样本进行了dd-GBS简化的基因组测序,并对获得的SNPs同鸡白痢沙门氏菌全血平板凝集试验表型进行了全基因组关联分析(GWAS)。结果显示:(1)对测序序列进行过滤和SNP calling,共获得314,562个高质量SNP标记,这些SNP在鸡每条染色体上分布均匀,可以满足性状基因精细定位要求;(2)GWAS共发现了43个全基因组显著的SNP标记,分别位于染色体1、2、3、5、7、13、17和20上。非常有趣的是,有21个显著SNPs聚集中于5号染色体长臂端57.7 Mb-59 Mb的区域。尽管在该区域没有发现与已知的病菌疾病和免疫显著相关基因,但研究推测该区域可能是鸡白痢沙门氏菌感染的重要候选区域,值得进一步深入挖掘和研究;(3)进一步对候选基因进行基因集富集分析发现,关联区域基因主要富集在15个GO和3条KEGG通路,包括革兰氏阴性菌防御反应、B细胞激活、血管活性肠肽受体活性、α-亚麻酸等生物学功能途径,一定程度反映了宿主鸡白痢感染和免疫可能的分子机制。本研究从基因组层面获得了同鸡白痢沙门氏菌感染相关的SNPs分子标记、基因、候选区域以及功能代谢通路,为鸡白痢沙门氏菌的群体净化、抗病育种、致病机制研究以及预防和治疗提供了基本数据和参考。