CpG岛甲基化表型结直肠癌新标记物及临床病理特征研究

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研究目的:CpG岛甲基化表型(CIMP)是一种特殊的结直肠癌亚型,其特征在于基因启动子中的CpG岛大量甲基化,导致一些肿瘤抑制基因或肿瘤相关的基因失活。CIMP被发现与多种不同的临床和分子特征有关,比如对5-FU和西妥昔单敏感性低,患者预后更差等。然而,迄今CIMP结直肠癌的临床和分子特征之间仍然存在争议。造成这种争议的原因包括:研究人群的种族差异、病例对照选择标准,用于定义CIMP甲基化表型的基因marker不同,和DNA甲基化检测的方法不同。寻找新的CIMP marker和更为灵敏的检测方法是研究和评估CIMP肿瘤的主要挑战。本研究选择了5个新的基因SHISA3, STC2,TMEM200B,CTSL1和LRIF1,从散发性结直肠癌中筛选和鉴定CpG岛甲基化表型。研究方法:我们前期利用MBP沉淀测序的方法,比较了3对普通结直肠癌和正常对照,3对CIMP(利用经典的CIMP marker)的DNA甲基化谱,最终选择了5个仅在CIMP肿瘤中甲基化的基因作为标记分子,SHISA3,STC2, TMEM200B, C TSL1 LRIF1。分别收集216对结直肠癌和正常对照组织,抽提DNA后进行重亚硫酸盐处理,分别检测新的5对分子marker SHISA3, STC2, TMEM200B, CTSL1 LRIF1和经典的分子marker CACNAIG, IGF2, NEUROG1, RUNX3,S0CS1的甲基化情况。为了更准确地量化甲基化,我们使用数字PCR(ddPCR)新技术来检测甲基化情况。结果:在我们分析的216个肿瘤,我们选择新的基因SHISA3, STC2, TMEM200B, CTSL1 LRIF1敏感性,特异性,PPV和NPV分别是80%,95.3%,85.7%和93.2%,比之前验证5个经典的基因CACNA1G,IGF2, NEUROG1, RUNX3,SOCS1有更高的敏感性和特异性:CIMP肿瘤中BRAF突变更为常见,但K-RAS突变低于非CIMP肿瘤。CIMP生存率显著低于非CIMP肿瘤。结论:新CIMP基因组合比经典5个基因组合具有更高的敏感性和特异性。
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