虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)近年来在我国对虾主产区广泛流行,给凡纳滨对虾产业带来巨大的经济损失。本研究主要包括两方面的试验内容:辽宁地区对虾肝肠胞虫流行病学调查和感染肝肠胞虫后对虾肝胰腺组织的转录组分析,旨在了解辽宁地区肝肠胞虫流行情况,探明肝肠胞虫的发病特点和传播途径。同时利用高通量测序发掘患病前后肝胰腺组织转录本表达差异,筛选差异基因,为肝肠胞虫的防治提供理论依据。对辽宁省5个凡纳滨对虾养殖区(沈阳、大连、盘锦、营口、丹东)进行采样检测,从地区、水体盐度、同一生长周期不同规格对虾、池塘消毒、养殖周期这几个角度展开调查。检测结果表明,5个地区不同对虾养殖池塘采集的样本EHP检出率普遍偏高,除盘锦地区感染率为41.4%,其余地区EHP检出率均在50%以上,其中营口地区EHP检出率最高为78.5%。淡水池塘与盐度大于1的池塘感染比率分别为61.4%和68.4%。在凡纳滨对虾养殖中期(30d-60d)规格小,生长缓慢的对虾EHP感染率高于正常生长的凡纳滨对虾。在养殖对虾开始前对底部进行清理消毒的池塘中养殖的凡纳滨对虾EHP感染比率为62.0%,低于未进行清理消毒对虾感染EHP的情况(70.7%),但肝肠胞虫的感染比率仍处于较高水平。另外随着养殖时间加长,患病凡纳滨对虾的感染比率会逐步增加,在养殖初期凡纳滨对虾患EHP比率为29.2%,在养殖中期检测患病率为63.8%,养殖后期患病率达79.6%。同时采集对虾养殖池塘生态系统中的其他生物和原池水检测,发现发病池塘水体、野杂鱼、底栖螺类均能检出EHP核酸阳性。利用EHP对鲫鱼(Carassius auratus)和卤虫(Artemia)进行感染试验进一步证实,肝肠胞虫的机械宿主范围广泛。通过对肝肠胞虫感染前后肝胰腺组织差异表达基因的研究,为进一步了解肝肠胞虫与凡纳滨对虾的互作提供参考,使用高通量测序技术对感染肝肠胞虫和未感染肝肠胞虫的肝胰腺组织进行转录组测序,测序获得的序列去除接头进行拼接得到unigenes,并以Rt-PCR验证基因的差异表达。转录组样本测序共得到173908709条序列,通过序列拼接后共得到20,946个unigenes,将感染组和健康对照组数据进行对比分析,发现差异表达基因的量为131个,这些中上调表达的基因占86个,下调表达的基因占45个,经RT-PCR验证后测序统计的差异基因结果可靠。肝肠胞虫寄生对虾后,宿主组织中五羟色胺受体(Serotonin receptor)、糜蛋白酶BII(Chymotrypsin BII)等生长发育相关基因表达量下调,说明肝肠胞虫寄生后可能会阻碍宿主正常生长;宿主体中大部分免疫相关基因C-型凝集素(C-type lectin)、丝氨酸蛋白激酶(Serpins)等基因表达量上调,说明肝肠胞虫寄生后刺激宿主的免疫机制启动与孢子虫进行一定拮抗。