小麦抗叶锈基因Lr38来源于中间偃麦草（Agropyron intermedium），位于其第七组的一条染色体上，并被标定在6DL上。Lr38是抗性很强的抗病基因，国内外至今尚未发现对它表现毒性的菌株存在，是一个应用潜力很大的由主效基因控制的抗病基因。目前还没有Lr38基因分子标记的报道。因此，找到与Lr38抗病基因完全连锁或紧密连锁的分子标记，对于该抗病基因的分离、利用具有重要意义。 本研究借助于AFLP技术，以Thatcher为感病对照，利用15小麦抗叶锈近等基因系（NILs）和F₂代（ThLr38×Thather）进行分析，结果如下： 1．采用210对AFLP引物分析了小麦抗叶锈基因Lr38在15个小麦抗叶锈近等基因系间的多态性，大多数引物能扩增出清晰可辩的条带。经过初次筛选，选出63对能在近等基因系间揭示出小麦抗叶锈基因Lr38多态性的引物组合，多态性引物出现比率为30％。 2．用筛选到的63对引物在ThLr38×Thatcher杂交的127株F₂代群体中扩增，筛选到2个引物组合在抗感植株间存在特异性差异，进而对127株F₂代群体进行扩增，并用MAPMAKER3.0软件分析，国际首次获得2个与抗叶锈病性状紧密连锁的AFLP分子标记：P-AGC／M-CAG_193bp（0.80cM）和P-ACG／M-CTG_355bp（0.80cM）；1个与感叶锈病性状连锁的AFLP分子标记：P-AGC／M-CAG_230bp（4.80cM）。该研究成果为进一步进行分子辅助育种及构建遗传图谱、物理图谱和基因的克隆奠定了基础。 3．研究过程中，对银染试剂的使用进行了改进，在保证染色质量的同时，10％的脱色液可以重复使用3～4次；当两次银染时间间隔20～30min时，染色液和显影液可以重复使用一次，使改进后的银染既保真又经济。