军民融合协同创新是合理配置军地创新资源的有效途径,也是贯彻实施创新驱动发展战略、深入推进军民融合发展战略的内在要求。军民融合协同创新是涉及军地多元创新主体的复杂系统工程,各创新主体间存在的分割、孤立等现象以及创新体系涉及的利益分配、长效激励和补偿机制等问题是制约军民融合协同创新效率与合作稳定性的主要难题。破解军民融合协同创新中的补偿激励问题,不仅有助于军民融合发展战略的深入实施,更能促进生产力与战斗力相互转化。本文在军民融合发展战略深入推进的背景下,以激励军民融合协同创新参与主体的参与积极性为目标,综合运用国防经济学、公共经济学、管理经济学等多学科理论方法进行研究。本文首先对军民融合协同创新补偿激励机制这一问题的研究现状与实践现状进行分析,厘清和界定文章主要研究的问题,为文章的理论价值与现实意义奠定基础;之后借鉴外部性理论、公共产品理论、博弈论和机制设计理论,分析构建军民融合协同创新补偿激励机制的理论基础与方法;接着针对现阶段军民融合协同创新实践层面存在的问题,根据“军转民”、“民参军”以及“军民两用技术”三种不同军民融合方式中参与主体的利益诉求、技术转移的不同特征等多方面因素,围绕补偿激励原则、补偿激励主体、补偿激励对象以及补偿激励类型,构建军转民协同创新补偿激励机制、民参军协同创新补偿激励机制以及军民两用技术协同创新补偿激励机制,并分别利用数学模型得出补偿激励对军民融合协同创新的促进作用,结合实际案例进行具体的应用分析;最后基于全文的理论分析与实践经验,围绕构建军民融合协同创新补偿激励机制平台、形成军民融合协同创新补偿激励机制制度保障、充分发挥军民融合协同创新社会中介机构作用、建立军民融合协同创新成果价值效益评定体系,提出完善军民融合协同创新补偿激励机制的政策建议。