目前，有关公司治理结构的理论大多是在成熟市场下形成的。西方对公司治理结构的研究至少可以追溯到20世纪30年代伯利(Bcrle)和米恩斯(Means)出版的《现代公司与私有产权》的研究。进入21世纪，各国金融危机、企业丑闻、著名公司的破产案例等等重大事件的出现，使人们更加重视公司治理结构问题。可以说企业所有权与控制权的分离，及其产生委托——代理关系一直是理论界所关注和解决的问题。中国公司治理结构与西方成熟市场中公司治理结构有着很大的不同，所以中国的公司治理结构已超出了传统意义上的公司治理问题，它涵括了企业内部激励监管机制，企业竞争环境。(法律体系、金融体系)和市场结构等多方面内容。目前国内众多学者对法人治理结构的研究主要集中在分析股权分置状态下治理问题所在，并且将我国上市公司治理的症结归结为“内部控制人”问题。但就目前我国上市公司的总体情况，这种概括不能体现出问题的根本之所在。我们必须认识到在股权分置改革之前所存在的主要问题是：在集中的大股东控制的所有权结构中，由于我国法律缺乏对中小投资者权益的有效保护，导致大股东对中小股东利益和上市公司资源的掠夺和侵害。这也是股权分置改革所要解决的主要问题。一般来说，公司股权结构与公司治理之间有着必然的逻辑关系。无论股权结构是何种分布，公司治理所确定的原则却是一样的。如维护股东权益，保持股东权益的一致性、平等性；股东所享有收益分配权等。但对于不同股权结构，公司治理能否对股东、董事和经理层三者之间权利和义务之间做出有效制衡，对于公司发展来说是至关重要的。因此，本文从股权分置改革这个大的时代背景出发，一方面通过对上市公司实施的股权激励方案分析，认为控股股东在利益的驱使下会有更好的监督和激励动机，并使其监督机制得到有效发挥。此时，上市公司对经理层的激励不再是形式上的安排。另一方面从外部控制权市场来讲，大量持股比例小于5％的原非流通股上市流通虽然不会造成市场预期的影响，但是仍会使市场对控制权的争夺趋向激烈。股权分置改革后，上市公司股权分布将会介于高度集中和高度分散之间。因此，本文从这种股权结构出发，提出在完善公司治理时应当注重内、外部治理机制的相互作用。在完善内部治理机制时要建立代理投票制度和累计投票制度，以及完善独立董事制度等内容。在完善外部治理机制时要注重市场信息披露制度的建设，并且最后提出了改善全流通时代控制权市场的一些建议。