徐闻珊瑚礁是我国大陆沿岸面积最大、种类最多、保存最完好的珊瑚礁，具有重要的科学研究和开发应用价值。本文通过现场观测、生态动力过程数值模拟和综合分析，全面了解了徐闻珊瑚礁区自然环境现状，论证了关键物理过程对徐闻珊瑚礁区生存的决定性作用，探讨了徐闻珊瑚礁区因环境变化面临的生存风险，提出了保护策略建议。主要研究内容及结果如下：　　 ⑴基本查清了徐闻珊瑚礁自然保护区珊瑚礁的分布边界、面积、地貌、造礁石珊瑚种类组成与覆盖度、礁栖生物种群组成与丰度、海洋生态环境、区域景观生态等情况。徐闻珊瑚礁共有珊瑚类64种，其中石珊瑚37种，整个海区以石珊瑚的种类最多，占总种数的57％；其次是软珊瑚，占总种数的43％。整个珊瑚礁区活珊瑚的平均覆盖度为28.9％。整个调查区珊瑚的平均死亡率达到28.9％。死亡珊瑚的死亡时间都在两年以上。珊瑚礁保护区建立两年来，该区的珊瑚死亡很少。调查区没有发现珊瑚常见病害，但在普通的定性调查中，发现有白化现象。同时，在调查区珊瑚上经常可以看到大量沉积物，这对珊瑚的生长和保护非常不利。　　 ⑵通过耦合生态动力过程数值模拟和数据分析结果表明，关键水文、物理和生态过程对徐闻珊瑚礁区的生存有重要影响。徐闻珊瑚礁区拥有得天独厚的、良好的气候、地质、水文、水化学和生态环境条件，能保证其健康生长。徐闻最低水温在每年的1月约为18℃左右。最高水温出现在7月，约为30.5℃，年平均水温为26℃左右，正好满足了珊瑚礁发育生长的极限条件。其中起决定性作用的物理过程是常年流经珊瑚礁区的北向海流。近几年来的研究成果以及本文动力过程数值模拟结果表明：徐闻珊瑚礁区海域有一股常年稳定的海流从东南方的琼州海峡流向西北方；北部湾常年维持气旋式环流格局；北部湾东部或海南岛西岸沿海海流常年呈北向。流经徐闻珊瑚礁区的这股北向海流可为徐闻珊瑚礁区水域的海洋生物源源不断地提供营养，并调节水温和增强水体净化能力，不仅为珊瑚礁的健康生长提供了适宜的生境条件，也为海南岛南部和西沙海域的珊瑚虫迁移到徐闻珊瑚礁区成为可能。运用COHERENS模式(用于区域和陆架海的耦合流体动力生态模式)，成功地模拟了北部湾动力、生态耦合过程的季节变化。北部湾内7项生态因子的分布特征和季节差异的模拟结果为徐闻珊瑚礁未来的保护工作提供了全面、可靠的本底环境数据。　　 ⑶徐闻珊瑚礁并没有大面积白化的记录，但有少量白化现象发生。徐闻珊瑚礁出现白化现象的原因可能是多方面的：海水温度过高或过低，海水混浊度加大，海水盐度过大或过小的变化，也可能病毒是根本原因。徐闻珊瑚礁与其他印度—太平洋区的热带珊瑚礁不同，主要以块状的蜂巢珊瑚科、滨珊瑚科和木珊瑚科的盾形陀螺珊瑚为主要优势种，而其他印度—太平洋区的热带珊瑚礁都以分支状的鹿角珊瑚为优势种。徐闻珊瑚礁区的优势种是蜂巢珊瑚科的秘密角蜂巢珊瑚和精巧扁脑珊瑚，滨珊瑚科的细角孔珊瑚和斯氏角孔珊瑚。这与历史上化石记录的珊瑚优势种(以滨珊瑚科的角孔珊瑚和滨珊瑚为主)相比较有了变化。这个变化有其更复杂的原因，需要做进一步地深入研究。　　 ⑷提出了徐闻珊瑚礁区的保护措施建议。树立科学的生态建设观念。保护自然资源，维护自然过程良性发展是合理开发利用自然和保育自然的前提。就徐闻珊瑚礁区而言，必须尽快出台专门的珊瑚礁区保护法规。按照占该海区珊瑚种类95％的范围来划定保护核心区(4～5km2)，并予以严格保护。实行珊瑚生存适宜度总体控制。防止人为破坏和其它物理损伤。坚持自然恢复和人工修复并举的方针。实施有效的修复方法：移植恢复、移除或稳定松散的珊瑚碎片、移植海绵体和珊瑚、增加鱼类种群、控制珊瑚礁天敌物种的生长等。制订并实施有效的管理和使用对策。在明确珊瑚礁生态保护和管理的目标基础上，按照自然优先原则和综合性原则提出珊瑚礁生态保护和管理的实施细则。