由于抵销涉及到另外一个债权的实质性判断,因此诉讼上的抵销抗辩牵涉到实体和程序之间如何协调的问题。首先,对于诉讼上的抵销抗辩的性质问题,笔者认为,预备抵销产生的原因是诉讼上的要求(主要是既判力的要求),但是这种要求必须要影响实体法上的抵销权行使的方式,没有实体法对条件的例外规定,预备的抵销抗辩将只能是一个矛盾体,所以,程序上的价值追求应当反映在实体法的规定之中。因此,笔者赞成新并存说中的条件说:抵销抗辩没有判断则不会产生实体上的效力。对于诉讼上的抵销抗辩与二重起诉关系的问题,笔者认为,应当分情况而讨论,对于“抵销抗辩后行型”,应当允许前诉原告在第二个诉讼中行使抵销抗辩;对于“抵销抗辩先行型”,应当赋予被告以选择权:即如果被告愿意放弃抵销抗辩,则允许其另行起诉,但如果不愿意,则只能强制其以反诉的方式提起另一诉讼;对于抵销抗辩并行型,则允许被告将主动债权用在另一诉讼中作预备的抵销抗辩之用。在抵销权行使和既判力时间范围的关系问题上,笔者认为,应当允许被告在言辞辩论终结后行使抵销权,但是其应当承担没有违反诚实信用原则(拖延诉讼)的证明责任。