菊花（Dendranthema×morifolium）是一种多年生宿根草本植物，其品种繁多，花色、花型多姿多彩，具有很高的观赏价值。如何改变其相关性状获得更多既满足观赏性，又满足花卉种植需求的品种越来越引起人们的兴趣。青蒿（Artemisia carvifolia）是一种一年的生草本植物，普遍被作为一种砧木，用于菊花等一系列花卉的嫁接。表观遗传是指DNA序列之外的改变而导致的可遗传的变异，DNA甲基化是最早被研究的表观遗传形式。本研究通过克隆菊花和青蒿MET1基因，寻找两物种MET1基因中低同源性基因片段，构建只能干涉菊花而不能干涉青蒿的RNAi载体，为本实验室后期工作提供基础。以青蒿为砧木，一旦获得菊花DNA甲基转移酶基因的RNAi砧木，则可以成为诱导其它所有菊花品种DNA甲基化水平变化的平台，为菊花后续多样性的研究提供基础。通过同源克隆的方法分别从菊花和青蒿中获得MET1基因的部分同源片段，通过5’RACE和3’RACE技术获得菊花和青蒿MET1基因的剩余序列，最后经过拼接发现：菊花MET1基因的ORF长度为5040bp，青蒿MET1基因ORF长度为4932bp，两者均与山柳菊（Hieracium pilosella）拥有很高的同源性。通过生物信息学比对发现，菊花和青蒿两个物种之间MET1基因的同源性达到92.65%，同源性较低的区域只有2个，分别在菊花MET1基因第1767到第1867个以及第4021到第4123个碱基之间。从菊花中扩增与青蒿低同源的MET1基因，该片段在菊花MET1基因1767位置，引物设计位置在其两侧，扩增片段长度为253bp，最后将该片段正反向分别连接到DHpart27RNAiFADP1P4载体中。通过荧光定量PCR技术分别对菊花和青蒿根茎叶进行表达谱分析，实验结果显示，菊花MET1基因在根中表达量最高，叶子中排第二，在茎中的表达量是最低的；青蒿MET1基因在茎内表达量最高，根中排第二，在叶中的表达量是最低的。