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青藏高原是世界生物多样性的热点地区，田鼠类物种是该地区的代表动物之一。对本地区开展田鼠类动物的分子生态学研究，为我们了解青藏高原的生物多样性形成机制提供重要的基础资料。 本研究在青藏高原东部地区16个点采集到189只田鼠样品。首先，以线粒体细胞色素b基因（Cytb）为分子标记，对这些样品进行物种分子鉴定。结果显示，所采集到的田鼠样品，可以鉴定为三个物种:柴达木根田鼠（Microtuslimnophilus）、青海松田鼠（Neodon fuscus）、高原松田鼠(N.irene)。柴达木根田鼠分布最广，在10个地点有分布(N=135);青海松田鼠分布在4个地点(N=30);高原松田鼠分布在3个地点(N=24)。三个物种之间的重合度较低，物种分类界限明确。 同时，结合Cytb基因和光间受体视黄类物质结合蛋白基因（IRBP），对优势种柴达木根田鼠进行谱系地理学研究。结果表明，柴达木根田鼠有中等程度的谱系地理结构，各区域闯（Cytb，36.02％，IRBP，29.46％）和区域内各种群间（Cytb，41.57％; IRBP，13.09％）有一定程度的遗传分化。Cytb基因的48个单倍型聚成4大类:黄河东部种群(LX、ZK、HN、MQ、JZ)，刚察(GC)，香日德(XRD)或门源(MY)，大通(DT)或化隆(HL)。造成柴达木根田鼠的种群间遗传分化原因有两个，一是小型哺乳动物有限的运动迁移能力，二是青藏高原东部地区地质变化，尤其是共和盆地沙漠化和黄河纵切导致的各种小生境的隔离作用。