我国正处于经济转型重要时期,在人口、资源、环境等约束日益突出的复杂发展形势下,十八届五中全会提出了五大新发展理念,其中就包含了“创新”和“绿色”,绿色创新则成为了节约资源、保护环境,促进社会持续进步、提高生产效率和改善环境生活质量的有效途径。同时,随着长三角一体化发展被提升至国家战略层面,长三角一体化发展也成了学术界的热点话题。长三角区域是目前我国区域经济一体化发展最活跃、开放程度最高、创新能力最强的区域之一,但同时也集聚了高污染、高能耗的产业,环境污染和资源短缺仍然是限制长三角经济高质量发展的一个重要因素,因此有效地测度和提升长三角各城市的绿色创新效率,有利于长三角地区经济及创新的有序且可持续的发展,同时对于推动中国经济转型和升级也具有重要意义。本文紧紧围绕“长三角城市的绿色创新效率”这一主题进行展开分析。首先结合了已有的文献资料,界定了绿色创新及其效率和绿色全要素生产率的概念,并梳理了相关的效率理论、区域创新发展理论和可持续发展理论;其次在分析长三角区域2010-2018年绿色创新的发展现状基础上,构建了长三角城市绿色创新效率的投入产出评价指标体系,使用超效率DEA模型准确的测度了长三角城市绿色创新效率,并利用Malmquist指数从时间变化的角度对效率进行分解;最后通过运用Tobit回归模型,分析了其他外部因素对长三角城市绿色创新效率的影响情况。研究发现:长三角26个城市绿色创新整体效率水较高,2010-2018年期间的年均效率值达到了0.931;从时间上来看,整体上呈上升趋势,从空间上来看,各城市的绿色新效率相比差异较大,上海市和江苏省各市的年均绿色创新效率水平较高,浙江省各市的年均绿色创新效率值相对一般,安徽省各市的绿色创新效率值较低;又根据效率分解结果,发现技术进步是城市绿色创新效率提升的主导因素;再从模型回归结果来看,经济水平、政府支持、城市污染治理效率、城市开放的程度和城市交通通达程度都对绿色创新效率有积极正向的影响,其中城市污染治理效率、城市开放的程度和城市交通通达程度的影响较显著,而城市的产业结构与绿色创新效率呈负相关。最后根据以上的分析,提出相应的对策。