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嫁接牡丹（Paeonia suffruticosa）容器栽培的不适应性影响了牡丹的推广应用,制约着牡丹产业的深度发展。为了探索不同根砧嫁接牡丹能更好生长开花的机理,本文以芍药和凤丹的根作为砧木,以‘洛阳红’牡丹的枝条作为接穗进行嫁接比较研究。通过分析2种根砧‘洛阳红’牡丹的光合特征差异、各组织部位糖含量差异以及花瓣的转录调控差异等内容,为筛选培育适宜盆栽牡丹嫁接的根砧提供理论依据。1.利用LI-6400与MINI-PAM测定2种根砧‘洛阳红’牡丹6个生长发育时期的光合特性与叶绿素荧光参数。结果表明,牡丹开花期间,即从圆桃期到盛花期,芍药砧‘洛阳红’的Pn、CE、WUE、Fm、Fv/Fm以及Y（II）分别升高了145.86%、245.10%、60.68%、33.27%、8.45%以及25.00%,增长幅度较凤丹砧‘洛阳红’大。从盛花期到夏季休眠期,芍药砧‘洛阳红’的Pn均高于凤丹砧‘洛阳红’。花后生长期,芍药砧‘洛阳红’qN（0.36）显著高于凤丹砧‘洛阳红’（0.15）。因此,芍药砧‘洛阳红’叶片具有更高的光能利用效率,更适宜作为盆栽‘洛阳红’的砧木。盛花期芍药砧‘洛阳红’花瓣中蔗糖含量(44.76 mg·g-1)较凤丹砧‘洛阳红’(30.40 mg·g-1)高47.24%,淀粉含量(44.30 mg·g-1)较凤丹砧‘洛阳红’(31.19 mg·g-1)高42.03%,表明芍药砧‘洛阳红’花瓣中碳水化合物的卸载和存储能力较强。2.对2种根砧‘洛阳红’盛花期花瓣进行转录组测序,得到41.84 Gb的有效数据,经序列组装得到80,390条Unigenes。将Unigene序列与8个公共数据库比对最终获得30,421条有注释信息的Unigene,占所有Unigene数的37.84%。基因差异表达分析得到439条DEGs,以凤丹砧‘洛阳红’为对照,芍药砧‘洛阳红’花瓣中有98条基因上调表达,341条基因下调表达。DEGs功能分类与富集表明,2种根砧‘洛阳红’花瓣的基因表达差异主要体现在淀粉和蔗糖代谢途径、细胞壁多糖修饰途径以及涉及激素、ROS和蛋白激酶的信号转导途径。与开花调控相关的蔗糖转运相关蛋白基因CWINV1（c68877.graphc0）、INV1（c81829.graphc0）、SWEET5（c51487.graphc0）和STP14（c68255.graphc0）在芍药砧‘洛阳红’花瓣中下调表达,而ANN（c71608.graphc0）在芍药砧‘洛阳红’花瓣中上调表达。3.采用TA克隆的方法从‘洛阳红’花瓣中克隆得到一个膜联蛋白基因,命名为PsANN1,GeneBank登录号为MK550694。该基因的cDNA全长为939 bp,编码312个氨基酸,相对分子质量35542.6,等电点为8.20,编码的氨基酸序列与黄麻Annexin基因OMP03638.1的相似性最高,达78.14%。该蛋白有四个功能结构域,属于Annexin蛋白家族。通过qRT-PCR试验得到PsANN1在2种根砧‘洛阳红’风铃期、圆桃期、盛花期和谢花期花瓣中的相对表达量情况。结果表明,盛花期,芍药砧‘洛阳红’花瓣的PsANN1表达量是凤丹砧‘洛阳红’的5.14倍,此时期芍药砧‘洛阳红’PsANN1表达量比风铃期增加了489.31倍,表明PsANN1的表达对‘洛阳红’风铃期到盛花期的转变发挥着重要作用。综上所述,芍药砧更宜作为盆栽‘洛阳红’的砧木,且PsANN1基因对2种根砧‘洛阳红’开花差异起重要调控作用。