分子标记是从DNA水平上检测出个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA片段。通过PCR反应体系扩增及凝胶电泳技术检测出个体间的差异,准确的区分出纯合带型和杂交带型,从而快速鉴定杂交种的纯度。利用该技术构建西瓜杂交种分子标记纯度鉴定技术体系,可对西瓜杂交种的纯度进行快速、高效、准确的鉴定,克服环境条件的局限性,减少人为主观判断对鉴定结果的影响,避免传统形态学性状检测方式的繁琐,节约成本。本研究利用480对SSR引物对“国豫二号”、“豫艺360”、“豫艺黑小宝”、“甜王”以及“绿之秀”这5个西瓜杂交种的父母本进行筛选,筛选出45对条带清晰、多态性较好的引物。通过PCR反应体系扩增及凝胶电泳,对这5个品种杂交种的F₁样本进行纯度分析,并进行三次重复,鉴定结果平均纯度分别为91.0%、92.6%、92.9%、92.5%、93.1%。同时,对这5份西瓜杂交种的进行田间种植鉴定,设置三次重复,其平均纯度结果分别为91.8%、93.3%、93.7%、93.1%、93.6%。试验表明两种方法的纯度鉴定结果偏差在0-1.8%,符合允许的误差范围≤2%,表现出高度的一致。因此,SSR分子标记技术可取代传统田间种植鉴定,直接用于西瓜杂交种纯度的快速鉴定。利用已筛选出的45对多态性较好的引物进行多重PCR技术实验,证明其可行性。该技术可同时对多对引物进行检测,提高西瓜杂交种纯度检测效率,有助于构建SSR分子标记应用于西瓜杂交种纯度鉴定的技术规程。通过结合田间实际生产情况对西瓜杂交种的制种技术进行研究总结,在制种过程中减少自交果的产生,避免操作带来的误差,从根本上提高西瓜杂交种纯度。