隐子草属Cleistogenes Keng是耿以礼以秋隐子草Cleistogenes serotina(L.) Keng为模式种建立的，该属植物主要分布于我国北方，多数为优良牧草和固沙植物。根据Flora of China记录隐子草属在我国约有10种1变种，其中5种为中国特有种。关于隐子草属的系统学位置及属下种间分类仍然存在问题。选取隐子草属及相关属55种植物的小穗外稃扫描电镜照片进行观察。在选取的外稃微形态性状中，长细胞、气孔副卫细胞、植硅体是研究类群中普遍存在并有一定区分度的细胞性状，短细胞、刺毛、双胞微毛、大毛和钩毛这5个性状在不同的属间分布有差异，这些微形态性状是本次研究进行分类鉴定的依据。结果显示：隐子草属长细胞为筒状，侧壁边缘波状至U形弯曲，端壁乳突状增厚；植硅体哑铃形；气孔器副卫细胞边缘近平行至低圆顶形；脉间为中刺，脉上为大刺，部分种大刺缺失；具长基双胞微毛，基细胞楔形；外稃背侧基部有大毛存在，无钩毛。根据外稃微形态差异将所有研究类群分为5种类型，类型Ⅰ所包含的种类应属于虎尾草亚科，类型Ⅱ与黍亚科相对应，类型Ⅲ为芦竹亚科和Micrairoideae特征，类型Ⅳ种类代表早熟禾亚科，类型Ⅴ包含种类属于稻亚科。类型Ⅰ下分为四个亚类型，分别为隐子草型、狗牙根型、鼠尾粟型和画眉草型。研究表明隐子草属、固沙草属和草沙蚕属植物外稃微形态特征应属于类型Ⅰ中的隐子草型，支持将隐子草属置于虎尾草亚科更合理。　　本研究选取核基因组核糖体基因间隔区 ITS和叶绿体基因组 trnL-trnF、rbcL共三个序列片段，对中国隐子草属及相关属植物的系统学位置和属下关系进行研究，全部57种禾本科植物覆盖BOP和PACMAD分支，采用最大似然法（ML）、最大简约法（MP）和贝叶斯法（BI）分析构建系统发育树。结果表明支持在结缕草族下成立结缕草亚族和鼠尾粟亚族，将隐花草属、米草属置于鼠尾粟亚族内。研究表明九顶草属与画眉草属亲缘关系较近，在系统树上聚为一支，而隐子草属与画眉草属的亲缘关系较远，但却属于同一亚科，在进化树上分别位于虎尾草亚科的两端，故不应把隐子草属置于画眉草族。隐子草属与固沙草属聚为一支位于狗牙根族内，支持将隐子草属置于虎尾草亚科狗牙根族，但隐子草属独立成族的证据不足，建议在狗牙根族下成立隐子草亚族，包括隐子草属和固沙草属。在隐子草属下类群的研究中，联合核基因和叶绿体基因构建的系统树形成了四个分支。结合形态学和系统学证据，支持将小尖隐子草作为薄鞘隐子草的异名处理，宽叶隐子草为朝阳隐子草的变种，建议短内稃隐子草和多枝隐子草暂不做种级处理，将细弱隐子草、包鞘隐子草、长花隐子草提为种级，支持糙隐子草、丛生隐子草、薄鞘隐子草、北京隐子草、朝阳隐子草、多叶隐子草、凌源隐子草和无芒隐子草的种级划分。