地衣(lichen)是属于真菌的共生菌(mycobiont)和属于绿藻或蓝细菌的共生藻(photobiont)之间的一种生态上专一,稳定的互利共生。地衣作为先锋生物,广泛分布,能够适应多种极端环境。除了共生菌,地衣中还生长了大量内生真菌。地衣内生真菌是指生长在健康地衣体内,与地衣共生菌、地衣上生真菌和地衣表面附带的真菌不同的子囊菌的世系,通过它们的无症状的感染,水平传递,较高的物种多样性和分类学的相似性,与光营养生物体相关联,代表至少非地衣化的盘菌亚门的五个纲、几十个科和大量的未知种。　　本实验以采自吉林省汪清县大豆地沟的幼年和成年美味石耳地衣为材料分离培养内生真菌,实验结果证明美味石耳地衣中存在大量的内生真菌,而且幼年地衣标本中的内生真菌较成年丰富。采用刮皮层取髓层的方法对幼年和成年各60份地衣标本进行内生真菌的分离,共获得286株内生菌。对其中的255株丝状真菌菌株进行DNA提取,ITS片段PCR扩增,测序,得到228条内生真菌的ITS序列。将所有序列使用MAFFT软件比对,MEGA5.2软件编辑,GenBank数据库搜索,采用最小进化距离法构建系统发育树。经过鉴定228株内生真菌都属于子囊菌门,分属于4个纲:粪壳菌纲、座囊菌纲、散囊菌纲、茶渍纲,9个目:刺盾炱目、肉座菌目、麦角菌目、格孢菌目、多腔菌目、煤炱目、座囊菌目、散囊菌目、地卷目,14个科、19个属和多数未知种。　　实验中分离得到大量的优势菌株:石生黑真菌,属于3个属:Capronia、Rhinocladiella、Cladophialophora,分类学地位属于 Herpotrichiellaceae、刺盾炱目(Chaetothyriales)、散囊菌纲(Eurotiomycetes),实验证明这些石生黑真菌可能是石耳地衣中的稳定定居者,与石生真菌亲缘关系很近。　　根据分子鉴定结果,对幼年和成年美味石耳地衣中分离出的内生真菌进行物种多样性比较。其中幼年和成年地衣中各得到183和45株内生真菌,幼年美味石耳中内生真菌分属于3纲7目11科11属29种(包括未定种),成年的分属4纲7目9科10属19种(包括未定种),而且幼年地衣中石生黑真菌的菌株数量(153)远多于成年(24),由数据显示,幼年美味石耳中内生真菌物种较成年数量多、种类多、密度大,也就是相对生物量大。根据实验结果得出结论,地衣体最初形成时是一个开放系统,除了共生真菌其他微生物也会进入,地衣形成后系统闭合部分真菌形成内生真菌,而且地衣生长过程中其他真菌很难进入。本论文为地衣和地衣内生真菌的研究和开发利用提供了理论依据。