小清河，黄河流域山东省中部渤海水系河流。小清河是山东省内唯一河海通航、水陆联运的河道，担负着济南市承泄洪水的重要任务，小清河流域所辖地区工业发达，人口集中，是山东省重要的工农业生产基地，因此小清河生态环境备受关注。本文对小清河底泥沉积物中细菌类群进行了检测分析，并对多种菌群分析方法进行了比较，以期为更好地保持小清河的生态环境和生态平衡等提供参考。1.水质理化指标的检测按照国家标准进行，只是简单检测了水温、pH值、电导率、COD等基本水质指标。检测结果表明，小清河水质整体良好。2.采用平板计数法检测了河底淤泥中的细菌总数。结果表明存在一些水生性较强的菌群和土壤菌，其中芽孢菌是最常见菌。3.运用MPN法检测了大肠菌群的数量，在个别地点中存在数量较大的大肠菌群。如小清河（济南段）中的4#(Huang)、7#(Ji)采样点以及小清河下游采样点4#(TK)、6#(LWZ)采样点中的大肠菌群数量较高，说明在这些地点很可能存在着生活污水直排现象，或存在其他污染源。4.使用MPN法检测了硝化细菌、亚硝化细菌和反硝化细菌的数量。硝化细菌和亚硝化细菌数量接近，反硝化细菌数量高的地方说明这个地点含氧量低。5.采用16S rDNA测序技术对部分可培养细菌进行分类分析，可培养细菌中存在水生细菌和其它多种土壤细菌，而芽孢菌是最常见的分离菌。另外，还存在分支杆菌等一些致病菌。6.高通量测序技术对细菌菌群的多样性进行分析结果表明，小清河底泥中的细菌具很高的多样性，但存在明显差异。小清河（济南段）流域横穿整个城市，是济南市生活污水主要的外排和处理水体，两岸废水入口十分复杂，研究其底泥特征性微生物数量变化对评价小清河水系及其环境改善具有重要意义。高通量测序能提供在不同分类水平上菌群多样性的全貌，信息丰富；但难以提供细菌类群的详细信息（如不能得到任何种的信息）。而传统培养方法中的特定菌群的数量分析以及可培养细菌的分离鉴定等，能给出像大肠菌群数量、硝化细菌数量、病原菌的种类及数量等重要的详细信息，这些详细信息可为环保措施的制定提供更有价值的参考数据。因此，高通量测序技术和传统培养方法在小清河底泥细菌菌群分析中具有各自的优势，但又都存在局限性。两种方法相结合可弥补各自的缺陷，为环境样本中微生物多样性分析提供全面和详尽的信息。