我国是白菜类作物的主要起源地。近年来大白菜根肿病已成为十字花科植物主要病害之一。利用大白菜遗传多样性的分析结果再对抗根肿病品种进行聚类分析，便可以得到其亲缘关系，并且可以确定出亲本间的遗传距离，进而能够划分杂种优势。其次，遗传多样性的遗传资源的研究也是培育大白菜抗根肿病新品种不可或缺的原始素材。同时，利用分子标记辅助选择（MAS）育种可以大大缩短育种年限。利用与抗根肿病紧密连锁的分子标记可以用来对大白菜抗病性状进行前景选择，而不用通过耗时接种鉴定来选取抗病单株。本研究首先用78对InDel引物及SSR引物，对抗性基因位于A3染色体上的Y635、Y636材料和抗性基因位于A8染色体上的Y642、Y664材料进行PCR扩增，然后用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶检测其扩增条带，筛选出在四份材料间有多态性、带型易于判断、稳定性高的29对引物，用于聚类分析图谱的构建。利用筛选出的29对多态性引物，对50份大白菜抗根肿病F1代群体和1份DH系材料及4份ECD材料进行PCR扩增，根据基因型不同，为了减小误差，采用其中的23对SSR引物及InDel引物带型最易判断的标记，共52个标记位点，采用UPGMA(Unweighted pair group method using an arithmetic average)法，利用NTSYSpc-2.10e版聚类分析软件构建了55份材料的聚类图。55份聚类分析材料整体上可以分为Ⅰ类和Ⅱ类2个大类。根据已知材料Y635、Y636和Y642、Y664标记位点处在不同的染色体上。可以推测出处于Ⅰ类的33份材料抗根肿病基因有可能位于A3染色体上，处于Ⅱ类的22份材料的抗根肿病基因有可能位于A8染色体上。从聚类图中分析，当相似系数在0.73左右时，又可以把整个聚类分析材料分成5个亚类。其中Ⅰ类群体可以分为3个亚类，Ⅱ类群体可以分为2个亚类。也可以看出，随着相似系数的升高，群体的分类情况也随之发生变化，这也反映出亲缘关系的远近及遗传背景的差异。从分类结果上看，各材料的基因型差异较丰富，有特殊基因型差异的材料能够和大部分材料分开。分别筛选出在抗根肿病Y635、Y636、Y637、Y639群体间有多态性的标记引物各一对，对2013年秋季田间成株的Y635群体的48个株系共955个单株、Y636群体的63个株系共1303个单株、Y637群体的45个株系共1058个单株、Y639群体的21个株系共432个单株进行纯合抗性的筛选，经PCR扩增，PAGE胶电泳检测，带型统计，分别筛选出Y635纯合抗性的单株234株、Y636纯合抗性的单株265株、Y637纯合抗性的单株149株、Y639纯合抗性的单株76株。