一事不再理原则作为国际刑事司法合作中的一项重要原则,在解决管辖权冲突,促进国际刑事司法合作顺利开展发挥着重要的作用,同时对于解决不同法域间的区际管辖权冲突和区际司法互助也有重要的借鉴意义。本文将围绕一事不再理原则在我国“一国两制”框架下,区际司法互助,尤其在《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》适用过程中产生的问题进行深入探讨,以期解决两岸在刑事管辖权方面的冲突,缓和两岸因刑事管辖权竞合所引起的矛盾,弱化不同法律制度的差异所带来的负面效应,同时保障人权及刑事司法公正,避免同一刑事案件的被告人面临再次受到审判的危险。第一部分对一事不再理原则在国际及区际间的适用及存在的问题进行概述,揭示其核心问题与本质问题分别是管辖权竞合和相互承认刑事判决效力,同时对区际刑事司法协助中各法域对一事不再理的规定进行分析。第二部分介绍海峡两岸区际司法互助发展历程,从早期到近期海峡两岸司法互助模式的介绍,分析其发展方向。第三部分论述一事不再理原则在海峡两岸司法互助,主要就在人员遣返和被判刑人移管方面存在的问题。第四部分阐明管辖权冲突未在两岸司法互助协议中解决的原因,并提出解决管辖权冲突的规则及具体做法,确立管辖权冲突“或遣返或起诉”原则,同时借鉴港澳实践构建两岸司法协助的人员遣返以及被判刑人移管的相关刑事立法。第五部分提出构建海峡两岸区际刑事判决的承认与执行制度建议,确立在一定条件下相互承认刑事判决及裁定制度以及被判刑人移管(接返)的有限承认刑事判决制度。