本研究利用长PCR技术从海南坡鹿(Cervus eldii)基因组DNA中扩增出三条彼此重叠，并且覆盖整个线粒体基因组的大片段，然后经过PCR产物克隆后测序得到完整的坡鹿线粒体基冈组。海南坡鹿的线粒体基因组主要有如下特征：线粒体基冈组全长16357bp，包含22个tRNA，2个rRNA，13个蛋白编码基因和一个控制区。重链的碱基组成为：腺嘌呤(A,33.2％)，胞嘧啶(C，24.7％)，鸟嘌呤(G,13.5％)，胸腺嘧啶(T,28.6％),A+T含量大于C+G含量，说明重链具有碱基偏倚性。坡鹿和梅花鹿偏向于使用第三位是A和C的密码子，而本研究中的其他四种鹿类偏向于使用第三位是A和T的密码子，第三位是G的密码子使用最少。坡鹿的13个蛋白编码基因的Ka/Ks值都显著小于1，说明蛋白编码基因在长期的进化过程中非常保守。但是各基因的Ka/Ks值又各不相同，但以COX家族的Ka/Ks值最小，尤其是CO1基因，说明COX家族的基因进化过程中最为保守。ATP8基冈的Ka/Ks值最大，是进化过程中最不保守的基因。除了ND2,ND3和ND5基因以ATA为起始密码子外，其他蛋白编码基因以ATG作为起始密码子。最为常用的终止密码子是TAA，ND2基因以TAG作为终止密码子，COB基因以AGA为终止密码子，另外ATP6,ND3和ND4基因的终止密码子是不完全密码子T，CO3基因的终止密码子是不完全密码子TA。　　 本研究利用重链上的12个蛋白编码基因探讨了鹿科动物的系统演化关系，最大似然法和贝叶斯方法把鹿科动物分成两个单系群，即plesiometacarpal（鹿亚科+麂亚科）和telemetacarpal（美洲鹿亚科+獐亚科）。所有分子数据均支持坡鹿在鹿属中的基础位置，并且肯定了马鹿和梅花鹿各自的单起源。