肺癌miRNA高能量测序的初步研究

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肺癌是全世界范围内由癌症引起死亡最主要的因素。非小细胞肺癌作为肺癌的一大类型,主要包含鳞癌和腺癌两种。近年来有关肺癌生物标记物的研究变得越来越热门,生物标记物的表征为肺癌的发病机理及发生发展过程的研究提供了一种新的途径。MicroRNA(miRNA)就是其中一种生物标记物,miRNA是一类小的非编码RNA,其通过与靶mRNA的互补配对来实现对基因的表达调控。近年来大量研究表明miRNA的表达调控与肺癌等多种癌症的形成发展有一定联系。MiRNA的检测方法获得了空前的发展,而高通量测序技术在miRNA检测方法中有其数据量大等优势,并且能发现一些新的miRNA。但是利用高通量测序技术全面表征肺鳞癌和腺癌中miRNA的表达差异,尤其是同时研究肺癌患者的癌组织、癌旁组织及正常组织中miRNA的表达情况还鲜有报道。  基于上述背景和问题我们对肺鳞癌和腺癌各自的正常、癌旁及癌三种不同组织中miRNA进行文库制备,然后通过高通量测序技术同时对miRNA种类及表达水平进行检测。经数据处理分析后利用定量PCR技术对差异性表达的miRNA进行定量验证,最后对经验证的差异性表达的miRNA进行相关靶基因预测及功能分析。主要研究内容及结果如下:  1、肺鳞癌和腺癌的癌组织样本间差异性表达的miRNA:在鳞癌的癌、癌旁和正常组织中分别发现368、306和231中miRNA,在腺癌的癌、癌旁和正常组织中分别发现259、401和389种miRNA。分析结果表明鳞癌和腺癌的癌组织间存在多种差异表达的miRNA,其中miR-19a-3p、miR-200b-3p和miR-138-5p的差异表达最为显著,miR-19a-3p和miR-138-5p的表达水平在定量PCR中得到证实,这两种miRNA可能作为区分肺鳞癌和腺癌的潜在的标志性miRNA分子。  2、肺鳞癌和腺癌各自的三类组织样本间具有渐进性表达差异的miRNA:结果发现差异表达的miRNA中存在一些从正常组织到癌旁组织到癌组织其表达水平逐渐上调或下调的miRNA。其中鳞癌组织中miR-19a-3p和miR-425-5p呈现显著性地逐渐上调,而miR-218-5p和miR-34c-5p显著性逐渐下调。腺癌组织中miR-21-5p和miR-196a-5p逐渐上调,而miR-218-5p显著性地逐渐下调。其中miR-19a-3p和miR-425-5p两种miRNA表达水平的渐进性变化在定量PCR分析中得到了证实。  3、差异性表达miRNA靶基因预测及功能富集:对经定量PCR验证的三种miRNA进行相关靶基因预测及靶基因功能富集,发现了miRNA潜在的可能与肺癌相关的靶基因,并且富集了靶基因调控的通路和生物学功能。  4、结论:本研究利用高通量测序技术检测肺癌组织中的miRNA,在验证了部分前人研究结果的基础上还发现了一些新的特异性表达的miRNA。结果分析获得了一些在鳞癌与肺癌之间存在显著性表达差异的miRNA(miR-19a-3p,miR-138-5p)和一些在正常组织、癌旁组织及癌组织中呈现出渐进性变化趋势的miRNA(miR-19a-3p,miR-425-5p)。其中miR-19a-3p、 miR-425-5p和miR-138-5p的差异表达情况在定量PCR分析中获得了证实,这些肺癌组织特异性的miRNA为肺癌的诊治提供了新的理论参考。
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