作为我国生态文明建设的组成部分,从2012年正式确立至今,环境公益诉讼制度经历了一个从无到有、持续完善的渐进过程,逐步从民事公益诉讼“一条腿走路”转变为以民、行公益诉讼为主体的“双轨制”诉讼模式。在司法实践中,环境公益诉讼和环境行政执法出现功能重叠、两类环境公益诉讼程序启动顺序不明、部分环境公益诉讼适格原告在现有制度下告诉不畅等问题。究其原因,表面上是各制度间彼此协调欠佳、环境公益诉讼规则细化不足,但透过制度层面所暴露的问题则是在环境综合治理的统一框架下,环境公益诉讼作为其中的子系统之一,其自身的功能定位存在模糊,对外表现为与环境行政执法的主次关系不明,对内表现为民、行环境公益诉讼对其应有价值有待厘清。本文的写作目的是以探讨两类诉讼在实践中的案件比例为契机,阐述论证环境行政执法、民、行环境公益诉讼三者间各自的功能定位和彼此联系,进而提出实践中三项制度运行顺序的一般原则和具体的制度建议。本文包括前言等章节共七个部分。前言部分包含研究背景及意义、文献综述、研究方式三个方面。其中国内及域外文献综述为重点,该部分以环境行政执法、民事、行政环境公益诉讼两两之间的关系为线索,梳理了各方学人的不同看法并对主流认识进行总结。正文第一部分对论文题目中的“环境行政执法”、“环境民事公益诉讼”和“环境行政公益诉讼”三个核心概念的学理概念和在我国的制度构建进行梳理,目的是为后文提供明晰的论述基础和相应的制度背景。正文第二部分针对环境公益诉讼运行中出现的“行主民辅”现象进行论证和原因阐述,借由对持环境公益诉讼案件数量“平衡论”的学者观点进行分析和反思,引出本文写作的主题和本文论证结论下环境公益诉讼案件数量“差异论”的观点。正文第三部分从环境公益诉讼产生背景、司法谦抑性原理和域外制度经验三个方面对行政执法和环境公益诉讼的主次关系进行论述,并得出需维持前者优先地位的结论。正文第四部分将视野转向环境公益诉讼制度内部,对于民、行环境公益诉讼各自的功能定位进行阐述,认为监督与补充是两类诉讼共有之功能,但各自又有所侧重,其中重点对于两类诉讼功能重叠部分的界定予以明晰。正文第五部分为结论和制度建议,即在上文论述基础上提出环境行政执法和两类环境公益诉讼适用顺序的一般原则和大致的例外情形,并就现有制度如何改进建言献策。最后为结语部分,在该部分中笔者就环境综合治理体系下该问题研究讨论的必要性和紧迫性进行说明,回顾了本文的若干不足,并就生态损害赔偿等诸多新制度出现的背景下本文的完善发展进行展望。通过理论和制度层面的探讨,本文认为在环境公益诉讼内部,环境行政公益诉讼的功能定位是以监督行政执法为主,以补充行政执法为辅;环境民事公益诉讼的功能定位是以补充行政执法为主,以监督行政执法为辅。从制度功能出发,环境综合治理的三项主要制度应遵循以下适用顺序:首先,以行政执法为优先,环境公益诉讼起辅助作用;其次,在环境公益诉讼内部以监督和督促执法为目的的行政公益诉讼为优先,民事公益诉讼仅在需要发挥其风险预防、强化惩戒等相对化制度优势或司法救济的兜底性功能时才可优先提起或与共同提起。同时,在此结论基础之上应当认识到未来环境公益诉讼案件数量“行主民辅”的现象仍将维持。