[目的]作物种植方式和连作年限对土壤微生物功能和结构多样性有重要影响。通过对新疆几种典型种植方式土壤进行研究,希望了解不同作物种植方式和棉花连作年限对土壤养分变化的影响,对土壤微生物功能和结构多样性的影响,并了解棉花枯黄萎病发病与微生物结构变化之间的联系。以期为北疆绿洲农田创造良好的土壤生态环境条件,对北疆农田微生物的生物多样性变化有一个总体评价,利用生物多样性原理防治不同连作年限棉田土传病害,为棉花的可持续生产提供理论基础。[方法]本文针对新疆绿洲几种典型的种植方式土壤进行研究,分别选取种植不同作物和不同棉花连作年限的大田土壤,通过对样地0-20cm、20-40cm土壤理化性质的测定,了解不同种植方式对土壤养分的影响；对0-15 cm土壤中与碳、氮、磷、硫等元素循环密切相关的11种酶的测定,了解土壤微生物功能多样性的变化；运用聚合酶链式反应-丙烯酰胺凝胶电泳(PCR-DGGE)的现代分子生物学方法对各样地0-15 cm土壤进行分析,了解土壤微生物结构多样性的变化。[主要结果]1)不同种植方式和不同连作年限土壤pH值均显示表层(0-20cm)低于亚表层(20-40 cm),但是各处理和上下土层间差异均不显著。2)不同种植方式和不同连作年限使土壤肥力性质在上下两层产生明显分异,表层土壤(0-20 cm)的肥力水平明显高于亚表层(20-40 cm)。3)不同种植方式下,小麦/油葵轮作(WSR)处理中和碳、氮、磷、硫循环相关的各酶酶活均处在一个比较高的水平,说明适当轮作有利于促进土壤中各酶酶活性。4)与C循环相关的各酶酶活随棉花连作年限增加呈现下降趋势,由于棉花枯黄萎病发病严重改种苜蓿进行改良(CtR-AR)的田块各酶酶活又表现恢复趋势。对连作相同年限的病区和非病区棉田,与C循环相关的各酶酶活性为病区土壤酶活大于非病区土壤酶活,不同酶之间的差异性略有不同。5)与N、P、S循环相关的各酶酶活性随棉花连作年限增加(5-10-15年),酶活均显示先降再升,相同连作年限的病区和非病区土壤酶活性之间没有一定的变化趋势。6)土壤微生物生物量碳、氮在不同种植方式下差异显著(p<0.05)；微生物量碳(MBc)随着连作年限增加(5-10-15年)呈现逐渐下降趋势,微生物量氮(MBN)随不同棉花连作年限并无一致性变化趋势,7)不同种植方式和不同连作年限处理下,土壤基础呼吸在120h内随时间延长而逐渐下降,最后趋于平稳。不同作物种植方式下的土壤呼吸商之间呈现显著性差异(P<0.05)：不同棉花连作年限处理之间的呼吸商有很大的差异,15年棉花连作非病区(CtN15)土壤呼吸高最高,苜蓿改良地(CtR-AR)的呼吸商最低,两个极值分别和其余上壤利用方式的呼吸商呈现出显著的差异性p<0.05)。8)不同种植方式下,土壤总细菌、总真菌、芽孢杆菌、氨氧化细菌、氨氧化古菌群落结构都发生了显著变化,说明种植制度对土壤微生物结构多样性会产生显著影响。9)不同连作年限均改变了土壤微生物结构多样性,随连作年限增加,土壤总细菌、总真菌多样性均呈下降趋势；芽孢杆菌、镰刀菌均表现为长期连作(CtN15)、枯黄萎病发病区菌群结构较丰富。[结论]种植不同作物和不同连作年限会对土壤理化性质产生很大影响,长期连作会降低土壤肥力：同时也会改变土壤微生物功能多样性和结构多样性,长期连作一种作物后与绿肥作物轮作,有利于提高土壤生物活性和土壤肥力,是一种较好的种植方式。