基于代谢组学和临床特征预测洗涤菌群移植治疗克罗恩病的疗效

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背景与目的:临床研究证实洗涤菌群移植(Washed microbiota transplantation,WMT)可有效诱导部分克罗恩病(Crohn’s disease,CD)患者的临床缓解,但仍有部分患者治疗反应不佳。本研究旨在利用CD患者的临床特征、血清代谢组学,借助机器学习,建立模型预测WMT治疗CD的疗效。方法:纳入活动期CD患者,使用液相色谱-质谱法分析治疗前患者的血清代谢谱,并评估WMT治疗前和治疗后CD患者临床症状、炎症指标。根据简化CD活动指数(Harvey–Bradshaw Index,HBI)定义缓解组和非缓解组。比较两组基线临床特征和血清代谢物的差异,经Boruta法对上述差异特征进行变量筛选,借助机器学习法进行WMT疗效的预测。结果:共纳入86例活动性CD患者。WMT后一周内,所有患者的腹痛、腹泻症状均改善,炎症指标下降。47例患者(54.65%)在WMT后3个月获得临床缓解。穿透型CD、合并肛周疾病、HBI评分高、身体质量指数(body mass index,BMI)低、有家族史的患者是影响WMT后获得临床缓解的风险因素。两组间在WMT前共有148个血清代谢物有显著差异。基于临床特征(前白蛋白、BMI、穿透型CD、非狭窄非穿透型CD和家族史)和血清代谢物(杜仲脂素A、头孢他美、单琥珀酸甲酯、苯乙酰谷氨酰胺(正离子模式)、4-(1-Methylethyl)-2,6-dinitroN,N-dipropylbenzenamine、乙酰谷氨酰胺(负离子模式)、邻苯二甲酸二异癸酯、3-硫代吗琳羧酸)构建的随机森林(Random Forest,RF)分类模型的曲线下面积(area under the curve,AUC)分别为0.85和0.88。结合2个临床特征(穿透型CD、非狭窄非穿透型CD)和9种代谢物建立的RF分类模型AUC为0.95。结论:基于血清代谢物、临床特征构建的机器学习模型可有效预测WMT治疗CD的临床疗效,而两者结合能提高预测准确率,更好地服务于临床决策。
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