硫化叶菌是一种广泛分布的嗜酸热古菌，最适生长温度约为80℃，最适生长pH约为3。硫化叶菌含有许多病毒和质粒，我们从硫磺矿硫化叶菌P2菌株中分离到一个新的染色体外遗传因子pSSVi。pSSVi为5740-bp的环状双链DNA，含八个ORF，ORF的排列方式类似于pRN家族质粒。除了CopG，pSSVi编码的蛋白与pRN家族的同源蛋白的相似性较低。pSSVi的复制蛋白RepA与研究较多的pRNl的RepA存在很大区别，前者是一个解旋酶，而后者除了具有解旋酶活性，还具有引发酶和聚合酶活性。pSSVi不含在已知pRN家族中保守的蛋白PlrA。此外，pSSVi编码一个SSV型整合酶，推测其功能是将pSSVi整合到宿主的基因组中。pSSVi和硫化叶菌SSV病毒在宿主体内发生复杂的相互作用，pSSVi可以在SSV的帮助下包装为病毒颗粒并在细胞间传播，而SSV的拷贝数则由于pSSVi的存在提高了数倍。追踪pSSVi的来源时发现，它原本是以整合状态存在于某些硫磺矿硫化叶菌P2菌株中。由于SSV的引入，pSSVi得以从基因组中逃逸下来。总之，pSSVi是一个质粒，但同时具备卫星病毒的特点。pSSVi的获得为构建新型遗传操作体系创造了条件，同时也为研究病毒与宿主，病毒与卫星病毒的相互作用奠定了基础。　　 论文第二部分工作是关于SSV1的复制起始机制研究。SSV1分离自芝田硫化叶菌，大小为15465bp。根据GC-skew和Z-curve分析的结果，预测SSV1的复制起点位于病毒基因组的5-6kb区域，这一区域含有许多重复序列以及在古菌复制起点中保守的UCM(uncharacterized motif)序列。运用中性/中性双向琼脂糖凝胶电泳和电镜技术研究了SSVl DNA复制中间体，发现SSV1采用theta复制模式，复制起点位于病毒基因组的5-6kb区域。采用复制起始位点定位方法(RIPmapping，replication initiation point)进一步确定了SSV1的复制起始位点。这是古菌中第一个得到实验验证的theta型复制病毒，这一工作为构建新型硫化叶菌遗传操作体系的建立提供了基础。