由禾谷丝核菌(Rhizoctonia cerealis Vander Hoeven)引起的小麦纹枯病(sharp eyespot of wheat)是我国小麦种植区普遍发生、危害严重的一种土传性真菌病害,每年都造成小麦的大量减产。因此,分析我国不同地区的禾谷丝核菌的群体遗传多样性,了解土壤中病原菌的动态变化,将为禾谷丝核菌的群体生物学和分子流行学研究奠定基础；并且有助于对田间病害的发生情况进行早期诊断和动态监测,为小麦纹枯病的防治提供理论依据。本研究采用微卫星标记的方法研究禾谷丝核菌的群体遗传结构。根据禾谷丝核菌菌株R0301的转录组设计了6对SSR引物,对采自我国安徽省蚌埠市、山东省临沂市、江苏省姜堰市和河南省商丘市4个地区的禾谷丝核菌群体进行群体遗传研究。结果表明,这6个微卫星位点的多态性较好,可用于禾谷丝核菌遗传多样性、遗传结构和遗传关系等分析。Popgene软件分析数据表明,6对引物在4个群体中共检测到44个等位基因,平均每个座位上7.3个等位基因,且等位基因的频率分布并不均匀；4个群体的期望杂合度在0.514-0.533之间,平均为0.522,表明各群体的遗传多样性丰富；Hardy-Weinberg平衡状态检测中表明,4个群体中分别都只有两个位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,其他位点大多极显著的偏离Hardy-Weinberg平衡,表现出显著的杂合子缺失,群体内可能存在不同程度的近交；F统计量研究结果表明,群体内部和群体之间存在一定的遗传分化,群体间的遗传分化系数Fst为0.042,表明群体间的遗传分化程度低,只有4.2%的分化来自群体间,而95.8%的分化来自群体内部。群体间的基因流Nm=5.75,表明群体间的基因交流频繁；群体间的遗传距离较近,遗传一致度较高,表明群体之间的遗传关系相近。由于小麦纹枯病的早期症状易和其它真菌病害的症状混淆,很难用肉眼观察对其进行鉴定；而在土壤中禾谷丝核菌只能以菌丝和菌核的形式存在,且生物量相对较低,因此需要建立一个快速、可信的检测方法对土壤中的禾谷丝核菌进行鉴定和定量。本研究根据禾谷丝核菌的β-微管蛋白基因(β-tublin)的DNA序列设计了一对禾谷丝核菌的特异性引物RtubF4和RtubR4,采用荧光定量PCR的法来对土壤中的病原菌进行鉴定和定量检测。结果表明：根据禾谷丝核菌β-tublin基因设计的引物RtubF4和RtubR4的特异性良好,可作为禾谷丝核菌分子检测的一个工具；建立了完整、稳定的土壤中禾谷丝核菌的real-time PCR定量检测体系,扩增灵敏度检测显示可以检测到的禾谷丝核菌的纯基因组DNA的量为100fg；建立土壤中禾谷丝核菌菌落生成单位(cfu)和对应的土壤DNA的Ct值之间的线性关系,对自然田间土壤中的禾谷丝核菌的种群密度进行检测,结果表明,每克土壤中禾谷丝核菌的种群密度为9.3到73.1cfu,对应的每克土壤的禾谷丝核菌DNA含量为20.3到133pg。