中草药(Traditional Chinese medicine,TCM)是一种含有多种有效成分的天然药物。随着时代的发展,中草药已部分取代了抗生素等化学药剂,在农业种植、水产养殖、畜牧发展等行业广泛应用。然而,关于中草药对多种病原菌的协同作用还没有系统的评价,同时中草药在鱼类循环水养殖系统中的应用评价也尚不多见。本论文主要研究了中草药及其联合用药配伍对水产养殖中常见的从水生生物分离出来的五种细菌致病菌的影响作用,以及中草药对养殖水体环境中微生物组成和细菌群落结构变化的影响与差异研究分析,旨在丰富中草药对鱼类循环水养殖生产中水体微生态方面研究成果,为中草药在对水产养殖病害防控中心应用提供理论基础。采用琼脂扩散法(纸片法)测定了夏枯草等25种中草药的性能功效,对嗜水气单胞菌、副溶血弧菌、蜡样芽孢杆菌、假单胞菌和弗氏柠檬酸杆菌的抑制作用。用二倍稀释法测定了抑菌效果较强的4种中草药对5种致病菌的最小抑菌(MIC)作用、及其最小杀菌浓度(MBC);并采用正交试验法对此5种致病菌进行了具有较强抑制作用的中草药配伍研究。实验表明,25种中草药对该5种致病菌均有抑制作用,其中乌梅、石榴皮、黄连、白头翁的抑制作用最强。对嗜水气单胞菌、荧光假单胞菌、弗氏柠檬酸杆菌抑菌作用最明显的是乌梅,对副溶血弧菌抑菌作用最明显的是乌梅、黄连,对蜡样芽胞杆菌抑菌明显的是乌梅。试验结论,对嗜水气单胞菌、副溶血弧菌具有最佳抑菌作用的组合为乌梅+石榴皮;对蜡样芽胞杆菌具有最佳抑菌作用的组合为乌梅+白头翁、石榴皮+白头翁;对荧光假单胞菌最佳抑菌的为乌梅+黄连组合、乌梅+白头翁组合;对弗氏柠檬酸杆菌具有最佳抑菌作用的组合为乌梅+石榴皮、乌梅+白头翁。针对此五种致病菌,乌梅+石榴皮、乌梅+白头翁为最佳抑菌中药配伍组合,其效果好于单一用药。同时研究了在乌梅、黄连中草药液影响下,可大大减少了弧菌和其他病原菌数量,对循环水养殖水中细菌群落影响较大。采用Illumina Hiseq高通量测序技术,对循环水系统中水体的细菌16SrDNA V4区域进行扩增和测序。各样品OTU稀释曲线逐渐趋于平缓且覆盖率Good’s Coverage指数为99.9%,表明样品测序深度足够大,OTU数量接近实际情况。进而对基因序列进行OTU(Operational Taxonomic Unit)聚类,并在OTU的基础上进行细菌群落组成分析。HTS获得6个样品(对照组、乌梅组和黄连组)有效序列条数共716470条,主要种属为弧菌属(Vibrio sp.)、海科贝特氏菌属(Obetia)、黏胶球形菌属(Lentisphaera)、海杆状菌属(Marinobacter)等。循环水系统内水体细菌群落组成丰富,细菌群落结构随中药提取液的加入而变化,水体内致病菌菌属演变优势微生物由对照组的弧菌属(36%)、黏胶球形菌属(10%)和Rubritalea(14%)演替为乌梅组的弧菌属(4%)、海科贝特氏菌属(25%)及海杆状菌属(7%);黄连组的弧菌属(2%)、海科贝特氏菌属(2%)及赤杆菌属(Erythrobacter)(78%)。乌梅作用下的水体OTU种类平均是141,黄连作用下的水体OTU种类平均是163。α多样性结果表明,对照组细菌群落的多样性高于黄连组和乌梅组,其中Chao1指数对照组的均值是318.926,乌梅组是171.321,黄连组是201.484;β多样性分析发现,三组样品间细菌结构及丰度差异较大。本研究比较了不同配伍的中草药对多种致病菌的抑菌作用,并筛选出了最佳抑菌作用的配伍组合。以及乌梅与黄连提取液对养殖水体环境会产生显著影响,可在一定程度上改善海水循环水系统的微生态水环境,为未来继续探索和进一步开展系统深入的研究提供了基础数据,同时这些发现拓展了我们对水产养殖系统细菌感染性疾病预防和控制的认识。