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本研究通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分析，结合测序方法对13个黄牛群体680头公牛或阉牛的Y染色体6个微卫星多态性进行了研究，结果发现，中国地方黄牛的UMN0929、UMN0108、UMN0920、INRA124、UMN2404和UMN0103位点分别有4、5、2、2、5、4个等位基因。其中INRA124、UMN2404和UMN0103位点上的等位基因是区分瘤牛和普通牛的诊断基因，分别为瘤牛和普通牛特有，三个微卫星标记对不同群体或个体的鉴别一致率达到90％以上。根据等位基因组成计算了基因频率，获得了基因多样性（GD）、多态性信息含量（PIC）、有效等位基因数（E）数据。结果表明，中国黄牛Y-STRs微卫星的平均遗传多样性为0.58，鲁西牛最高为0.65，延边牛最低为0.44，说明鲁西牛的遗传变异程度较大，表明中国黄牛的遗传基础丰富，从而通过牛Y-STRs位点多态性方法检验了中国地方黄牛的遗传多样性。通过对3个微卫星INR124、UMN2404和UMN0103位点分析并结合前人对15个品种262头公牛Y染色体的形态学研究，揭示了中国黄牛普通牛和瘤牛Y染色体的分布特征以及Y染色体基因的流动迁移模式。北方种群中普通牛Y染色体单倍型频率最高（平均为93.0％），瘤牛单倍型在南方牛种群中占有优势（平均为90.3％）。中原黄牛品种中同时具有普通牛（平均为49.0％）和瘤牛（平均为51.0％）Y染色体单倍型，瘤牛Y染色体单倍型频率在中原黄牛中呈现出自东向西逐渐降低的趋势，在郏县红牛、鲁西牛、南阳牛、晋南牛、秦川牛和早胜牛群体中瘤牛的比例分别为75.0％，67.0％，66.0％、32.0％、29.0％和6.9％。晋南牛、秦川牛和早胜牛受北方普通牛的遗传影响较大，普通牛起源占主要地位；而郏县红牛、鲁西牛和南阳牛则受南方瘤牛的影响较大，瘤牛起源占主要地位。再次证明，中国黄牛主要血统来源于亚洲原牛和瘤原牛，这可能是这两类牛群在长期的历史进化过程中，分别从东南方向和西北方向进入我国，并在中原地区汇合的。Y-STRS基因座的单倍型在个体识别和亲子鉴定的研究方面也有着潜在的应用价值。由单倍型频率可以计算出单倍型的遗传多样性为0.94，对Y染色体来说，此值等于个体识别率和非父排除率，说明Y-STRs具有较高的个体识别率，在非父排除方面有重要作用，表明该系统有较强的个体差异，对于牛的个体鉴定具有十分重要的价值。通过对三个纯种和两个杂种牛群254头阉牛（秦川牛58头、鲁西牛56头、晋南牛52头、西门塔尔×秦川牛40头、安格斯×秦川牛48头）Y-STRs UMN0929和UMN0108基因座的等位基因与一些肉用性能关系研究，发现牛Y-STRsUMN0929和UMN0108位点与一些肉用性能显著相关。在UMN0929位点，西门塔尔×秦川牛的肉用指数和胴体重的最小二乘均值最大，分别为4.50kg·cm-1和338.28 kg，鲁西牛最小，分别为3.62 kg·cm-1和269.33kg。秦川牛群中G-190基因的肉用指数和胴体重最大，分别为4.23kg·cm-1和325.40kg，B-178基因的肉用指数和胴体重最小，分别为3.81kg·cm-1和278.07kg。经检验，G-190和E-186基因的肉用指数和胴体重极显著高于B-178基因的牛（P＜0.01）。在UMN0108位点，秦川牛E-189基因的肉用指数和胴体重最大，分别为4.07kg·cm-1和243.30kg，C-185基因的肉用指数和胴体重最小，分别为3.49kg·cm-1和194.90kg。经检验，E-189和F-191基因的肉用指数、胴体重及净肉率极显著高于C-185基因的牛（P＜0.01）。采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术测定了秦川牛（148头）血红蛋白（Hb）、运铁蛋白（Tf）、后运铁蛋白（PTf）、血清白蛋白（Alb）和后白蛋白（Pa）的遗传多态性。分析了各多态位点不同基因型与秦川牛若干繁殖性状的关系。结果表明：Hb AA型母牛的初情期年龄（AFS），初产年龄（AFC）极显著早于Hb AB型母牛（P＜0.01）。TfAA型母牛的初情期和初产年龄显著早于TfDD型母牛（P＜0.05）。PTfSS型母牛的初情期显著早于PTfFS型母牛和PTfFF型母牛（P＜0.05）。Alb AA型母牛的初情期显著早于Alb AC型母牛（P＜0.05）。TfA基因对D基因的替代平均效应值初情期提前1.68d，初产年龄提前19.89d。AlbA基因对B基因的替代平均效应值初情期提前8.06d。