为了维护国家统一和领土完整，保持香港、澳门的繁荣稳定，中国对香港、澳门恢复行使主权，设立香港、澳门特别行政区，实行“一国两制”。根据《香港特别行政区基本法》、《澳门特别行政区基本法》的规定，中华人民共和国缔结的国际协议，中央人民政府可根据特别行政区的情况和需要，在征询特别行政区政府的意见后，决定是否适用于特别行政区。中华人民共和国尚未参加但已适用于香港、澳门的国际协议仍可继续适用。经过授权，特别行政区可以“中国香港”、“中国澳门”的名义单独地同世界各国、各地区及有关国际组织保持和发展关系，签订和履行有关协议。国际协议在特别行政区的实施是国际法上的崭新实践，它丰富和发展了国际法的基本理论，创新了主权国家下的地方行政区域缔结适用国际协议的方式。本文除导论和余论以外共有五章正文。导论及各章内容如下：导论对题目的内涵、范围进行了释义，对论文的研究意义、研究方法、论文拟解决的关键性问题及创新点作出了说明，并强调了两个重要问题。首先，文章强调港澳地区自古以来就是中国的地方行政区域，香港、澳门从来都不是独立的政治实体，不是国际法的主体，中央对特别行政区行使主权和治权。其次，特区适用国际协议必须坚持“一国两制”，既要“一国”统领“两制”，也要发挥“两制”的特殊性。第一章重点研究了中国缔结或参加的国际协议在特别行政区的适用。首先，文章指出国际协议在特区适用是中国解决历史遗留问题所采取的特殊方式，是对条约继承理论的创新。国际协议在特区适用的依据是国际法基本理论、国际协议本身的适用范围条款和基本法的相关规定，同时，中国在缔结或参加国际协议时作出的适用范围声明是特定国际协议在特区适用的直接依据。在适用方式上，国际协议在香港是以转化适用为主，兼采纳入适用，而在澳门是以纳入适用为主，以转化适用为辅。在国际协议与特区法律的关系上，中国缔结或参加而延伸适用于特区的国际协议效力应低于基本法，优先于特区本地的法律、法规。特区政府单独或经授权缔结的国际协议效力应低于基本法、等同于特区本地立法。其次，文章认为已对中国生效，港澳已经适用的国际协议，国际协议的当事方转换为中国，中国作出的保留与原管治国作出的保留需要衔接，国际协议的适用范围因保留条款的不同而发生变化，并以《承认及执行仲裁裁决公约》为例，对该类国际协议的适用进行了具体分析。最后，文章阐述了中国缔结或参加、港澳未适用的国际协议的适用问题，指出凡属外交国防类或根据协议的性质和规定必须适用于国家全部领土的国际协议，中央政府无须征询特区政府意见就可以直接将该协议适用于特区；凡涉及特区自治范围内事项，且不属于外交、国防事务，或国际协议涉及的内容包括中央管理事项和特区自治范围内事项，中央政府须征询特区政府意见，决定是否将国际协议适用于特区；特区还可以发挥自身能动性，主动提出希望缔结或加入的国际协议，对于某些有执行机制的国际协议需要中央与特区共同完成履约情况报告。第二章专门研究了中国尚未批准的国际协议在特区的适用。首先，文章认为签署产生两种不同效果，一是以签署表示同意受国际协议拘束；二是签署仅为批准前的一个环节时，签署不产生受国际协议约束的效果，但以批准表示同意受国际协议拘束时，签署将产生“先协议义务”。其次，全面分析了《公民权利和政治权利国际公约》在特区适用的情况，认为原英国、葡萄牙对公约进行的保留仍然有效，公约仍须经转化后在特区适用。文章对《香港基本法》第39条的内容与作用进行了分析，指出“适用于香港的规定”是解释39条的关键字。文章论述了《香港基本法》、公约、人权法案条例之间的关系，认为基本法是特区的最高法律，人权法案条例是实施公约的国内普通立法。最后，文章分析了中国尚未批准的《联合国国家及其财产管辖豁免公约》在特区的效力问题，指出本身尚未生效的公约对缔约国没有拘束力，限制豁免理论尚未形成国际习惯法规则，不能在特区适用，中国一贯主张国家及其财产绝对豁免，特区应当跟随主权国实行绝对豁免。第三章全面阐述了中国未参加、港澳已经适用的国际协议在特区继续适用的理论依据，以及特区适用国际协议的责任承担方式。文章认为此类协议在特区适用是一种过渡性安排，产生的法律关系具有特殊性，中国发出外交照会声明该类国际协议在特区继续适用，此照会使中国与接受此声明的当事方之间形成特殊的法律关系，该法律关系符合国际法的规定，得到国际社会的认可。文章以《国际诱拐儿童之民事事项公约》为范例具体阐述了此类国际协议在特区的适用。第四章深入研究了特别行政区的缔约权。首先，文章论述了特别行政区缔约权的性质和特点，认为特别行政区的缔约权是国家缔约权的组成部分，是依授权享有而非本身固有的权力，特别行政区在行使缔约权时须符合基本法的规定，与中央的授权相协调。其次，文章论述了特区缔结国际协议的程序问题，就特区缔结国际协议是否需要经授权，是否需要经批准进行了探讨。文章梳理了特区参加国际组织的实践，提出特区参加国际组织须遵守国家主权原则，须与特区非主权地区的身份相符，并以特区利益的需要为出发点。最后，文章论述了中央政府缔结的双边协议与特区自身缔结的双边协议的冲突与协调问题，并以双边投资协定为范本进行比较分析，探讨了中国缔结的双边投资协定适用于香港的可行性与具体安排，并指出其他类型双边协定的冲突可以依照此方法加以解决。第五章拓展研究了国际协议框架下内地与特区之间的关系。首先，文章认为中国缔结或参加的国际协议延伸适用于特区，此时特区与内地是作为一个整体适用国际协议，内地与特区之间的法律冲突不能用公约来解决，特别是具有公法性质的国际协议，以及国际统一冲突法公约。但是，在国际统一实体法公约具有一定任意性的情况下，如果公约规定当事人可以排除或减损公约条款的适用，则此类公约可以有条件地选择适用于内地与特区之间。其次，文章认为在许可特别行政区单独成为当事方的国际协议下，中国与特区之间既是特殊的成员方关系，又是一个主权国家下的中央与地方关系。应以“一国两制”为指导，发挥特区自治权的能动性，在涉及国家利益的事项上统一行动，发挥合力，在仅涉及特区自身利益，不与国家利益冲突的情况下，发挥特区的自主性。