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本文通过自行设计引物，利用PCR-SSCP技术分析了藏猪肌肉生长抑制素(MSTN)基因3个外显子的多态性；利用计算机网络技术和生物信息学方法，比较分析了藏猪与登录在GenBank中的其它猪种以及其它物种MSTN基因编码区序列特点。本研究为藏猪遗传资源的全面分析积累了资料，为合理利用藏猪优良的遗传资源提供了理论依据。研究结果表明，藏猪MSTN基因外显子1表现多态性，存在A、C两种等位基因和AA、AC、CC三种基因型，三种基因型频率分别为20.54％、52.68％、26.78％，A、C两种等位基因的频率分别为46.88％和53.12％。通过序列测定，将所获序列和GenBank中登录的猪MSTN基因全序列(AY208121)相应片段进行比对，首次拼接出了藏猪MSTN基因完整的编码区序列，共1128bp(GenBank登录号为EF612791)，A、T、G、C四种碱基的含量分别为32.8％、25.3％、21.1％、20.8％，其中G＋C的含量(41.9％)低于A＋T的含量(58.1％)。藏猪MSTN基因编码区71bp处存在A→C单碱基突变，该突变导致编码的第24位氨基酸由天冬酰胺改变为苏氨酸。藏猪和其它猪种MSTN基因编码区序列比较结果显示，品种间MSTN基因编码区序列碱基组成差异不大，品种间核苷酸多样度Pi＝0.00197，平均核苷酸差异数K＝2.222；MSTN基因编码区71bp处的突变仅在藏猪中发现；藏猪MSTN基因编码的蛋白质20种氨基酸含量不均衡，以亮氨酸含量最为丰富，组氨酸和色氨酸含量最少，按极性分析，极性氨基酸的含量高于非极性氨基酸；藏猪MSTN基因对同义密码子的使用具有强烈的偏倚性，其它猪种也表现类似现象。藏猪和其它物种MSTN基因编码区序列比较结果显示，藏猪与人、猩猩、牛、羊、狗、鼠的相似度都在90％以上，藏猪与鸡和大马哈鱼的相似度分别为83.0％和56.2％；不同物种对同义密码子使用的偏倚程度和偏爱类型各不相同，具有种属特异性；用邻接法构建MSTN基因NJ系统发育树，藏猪与其它哺乳纲动物聚在一个分支上，而属于鸟纲的鸡和鱼纲的大马哈鱼聚在另两个分支上，这与传统的生物学分类法结果一致。