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猪小肠是营养物质消化吸收的重要场所，并且随不同类型猪种表现出特异性，研究不同猪种小肠组织基因的差异表达对了解猪种对营养物质利用的遗传机制具有重要的意义。本研究利用安徽地方猪种（定远猪77头、皖南花猪34头、皖南黑猪15头）和商品瘦肉猪（杜洛克×长白×大白，简称外三元）作为研究对象，采集其小肠组织，提取mRNA，并反转录成cDNA，利用3条锚定引物和6条随机引物组成的18个引物对进行DDRT-PCR分析，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳得到差显条带，经测序及PCR鉴定确证其中的差异EST；对EST进行连锁群分析及其SNP与猪种类型的关联分析。结果表明：1.共检测出180条EST，其中地方猪种个体间差异EST为6条，外三元个体间差异EST为12条，地方猪与外三元间差异EST为8条，其中存在3条特异性明显的EST（G24-300、G01-360和A12-340）。对3个EST进行表达分析表明，G24-300在外三元中表达水平明显高于地方猪，而G01-360和A12-340在不同类型猪间的表达量差异不明显。G24-300位于猪的2号染色体，介于血清应答因子绑定蛋白1（SRFBP1）基因和上游基因线粒体铁蛋白（FTMT）基因之间，在SRFBP1基因下游还存在赖氨酰氧化酶（LOX）基因，形成FTMT-G24-SRFBP1-LOX连锁群。G01-360位于猪的13号染色体，与嗅觉受体1、3基因（olfactoryreceptor5K1、3-like）连锁。2.在猪基因组进行同源性分析显示，G24-300未发现有同源序列，而G01-360在猪的多个染色体上发现有高同源性的区域（同源性均在80%以上），其中与猪13号染色体的3个区域的同源性分别高达99%、98%和98%，G01-360内存在一个高度保守的27bp序列。3. G24-300未发现有SNP位点。G01-360发现有8个SNP位点（T30C、A117G、C149T、A157C、A161T、G273T、G282T和T294C），且117bp位点和161bp位点为联合突变位点，当117bp位点出现纯合子117AA时，161bp位点是纯合子161AA，当117bp出现杂合子117AG时，161bp出现杂合子161AT。149TT和149CC的基因型频率在皖南黑猪和皖南花猪中均为0，在定远猪中也比较低，分别为0.0612，0.0204；在外三元中出现频率较高，分别为0.2567，0.2078。各位点基因型频率在不同类型猪分布中存在差异，在地方猪品种间T149C、A157C和T273G三个位点差异不明显，但是与外三元存在显著或极其显著的差异，显示所发现的SNPs位点与猪种类型具有明显的关联性。