隐孢子虫、毕氏肠微孢子虫和弓形虫是三种危害养殖业的重要人兽共患原虫,分布广泛,危害人和动物的健康。关于云南边境地区和入境肉牛感染三种原虫尚未见报道。为进一步明确这些地区肉牛隐孢子虫、毕氏肠微孢子虫和弓形虫的流行及其危害情况,本论文开展了这三种原虫分子流行病学、基因型和致病性研究。分别从保山、德宏、西双版纳三个州市地区采集541份肉牛粪样,另外采集858头肉牛的肝、肺、淋巴结组织,分别采用巢氏PCR方法扩增隐孢子虫18S r RNA基因和毕氏肠微孢子虫ITS基因对粪便样本进行检测、扩增弓形虫SAG3基因对组织样本进行检测,分析地点、性别、年龄、品种等因素,进行风险评估。检测结果显示肉牛隐孢子虫总感染率为18.67%（101/541）,保山、德宏、西双版纳地区隐孢子虫阳性率分别为41.79%（84/201）、6.81%（13/191）、2.68%（4/149）;不同地区、品种、年龄段感染率差异极显著（P＜0.01）;不同性别感染率差异显著（P＜0.05）。这些因素会增加肉牛感染隐孢子虫的风险。分析发现肉牛中存在4种隐孢子虫的感染,分别为安氏隐孢子虫（n=88）、芮氏隐孢子虫（n=3）、牛隐孢子虫（n=7）、Cryptosporidium occultus（n=3）。基于MLST对88份安氏隐孢子虫阳性样品进行分型,其中19份安氏隐孢子虫样品在四个位点均扩增成功,鉴定出三种亚型,分别是A4A4A4A1亚型（n=16）、A1A4A4A1亚型（n=2）和A4A5A4A1亚型（n=1）。A4A4A4A1亚型仅在保山市肉牛中鉴定成功;A1A4A4A1亚型仅在德宏肉牛中鉴定成功;A4A5A2A1亚型仅在西双版纳肉牛中被鉴定出。从进口的瘤牛中鉴定出安氏隐孢子虫A4A4A2A1亚型,这种亚型在我国肉牛中已有相关报道。毕氏肠微孢子虫检测结果显示,云南边境地区肉牛毕氏肠微孢子虫总感染率为1.66%（9/541）,德宏、保山和西双版纳地区毕氏肠微孢子虫阳性率分别为3.66%（7/191）、1.00%（2/201）、0（0/149）,不同地区、年龄段感染率差异显著（P＜0.05）,这两种因素会影响肉牛感染毕氏肠微孢子虫的风险,不同品种、性别感染率差异不显著（P＞0.05）。序列分析发现肉牛中存在4个已知基因型（BEB4、BEB8、I、J）,优势基因型为J,4种基因型均属于组群2,其中BEB4、I、J三种基因型具有人兽共患潜能。9个毕氏肠微孢子虫阳性样品中有4个样品在4个位点均扩增成功,形成4个多位点基因型（MLGs）。西双版纳自老挝进口的瘤牛未检测到毕氏肠微孢子虫阳性,故西双版纳进口肉牛中毕氏肠微孢子虫的基因型分布情况有待进一步研究。本研究肉牛弓形虫总感染率为10.37%（89/858）,德宏、保山、西双版纳地区肉牛弓形虫阳性率分别为0（0/208）、0.33%（1/300）、25.14%（88/350）,不同地区之间、不同品种之间肉牛弓形虫感染率差异极显著（P＜0.01）,这两个因素会增加肉牛感染弓形虫的风险。不同性别间感染率差异不显著（P＞0.05）。针对弓形虫SAG3位点进行酶切,发现所有样品酶切条带与Ⅰ型标准株相同。选取54只雌性昆明小鼠,随机分为9组（8个感染组,1个对照组）,每组6只,采用腹腔接种进行感染弓形虫Ⅱ型PRU株,8个感染组按照10~0、10~1、10~2、10~3、10~4、10~5、10~6、10~7的剂量分别进行接种,同时空白组注射等剂量的生理盐水。通过观察小鼠生长、精神状况、对小鼠称重和提取小鼠脑、肺组织DNA检测弓形虫感染情况,对小鼠病变组织进行病理切片等方面了解PRU株对昆明小鼠的致病性。结果表明感染剂量越高的组别,出现临床症状的时间越早,其中10~7组在第5天就出现临床症状。通过B1基因检测发现10~7组的脑、肺在感染后第4天就能检测到弓形虫的存在。48只感染组小鼠最终共有15只确认感染。发病严重小鼠在死亡前体重会明显下降,成功感染的小鼠心外膜可见淋巴细胞浸润,肝细胞结构崩解,脾组织坏死,肺泡壁毛细血管轻微充血,肾见血管淤血,脑膜和较多的脑实质可见炎性损伤,肠组织粘膜糜烂,粘膜上皮坏死、脱落。云南边境地区肉牛中存在隐孢子虫、毕氏肠微孢子虫、弓形虫三种人兽共患原虫的感染,而入境肉牛中存在隐孢子虫的感染,需加强防控,确保兽医公共卫生安全。