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小分子RNA(sRNA)是一类非编码RNA,其序列长度在20～24nt,在多数真核生物中引导DNA或RNA水平调控。sRNA主要包括miRNA和siRNA。相对于miRNA的研究,对siRNA的研究还相对滞后。PHAS基因是最近发现的植物中的一类新基因,它是分段产生的siRNA,称为phasiRNA。目前研究较为深入的PHAS基因是由TAS基因编码的tasiRNA,其中TAS3 siRNA在植物中是高度保守的,TAS3siRNA通过对ARF的负调控,来影响叶、花、根等器官的生长。除了 TAS1 TAS2、TAS3和TAS4几个基因外,在siRNA的种类或家族,进化和功能等方面,都还有很多未知的领域有待进一步研究。小麦是全球种植量最大的农作物之一,本研究通过分析高通量测序数据,对小麦的miRNA和phasiRNA进行了识别与分析。共识别出小麦的保守miRNA位点1088个,我们统计出其中21个保守miRNA家族的小麦miRNA位点共230个。我们对这1088个位点miRNA进行了靶基因预测,其中21个保守miRNA家族靶基因共210个。此外我们还识别出小麦中的novel miRNA位点共37个,预测识别出小麦novel miRNA序列的靶基因,从预测结果中可以看出包含大量的ARF、F-box、GRF、MYB、NBS-LRR等靶基因。最后我们对小麦的phasiRNA进行了识别与分析,识别出小麦TAS3位点共8个,我们对识别出的TAS3 siRNA序列进行靶基因预测,结果显示共有15个ARF靶基因。最后用我们的方法识别出其它phasiRNA的PHAS位点共90个,其中21nt的PHAS位点29个,24nt的PHAS位点61个。用Hitsensor预测小麦miRNA在21nt和24nt PHAS上的靶位点,其中Total Mismatches小于4的靶位点共276个,其中miRNA在21nt PHAS上的靶位点共36个,miRNA在24nt PHAS上的靶位点共136个。我们的结果显示一些核苷酸结合富含亮氨酸重复序列的(NB-LRR)抗病蛋白和MYB转录因子基因位点可能产生phasiRNA,这与已报道的其它物种结果一致。