建设高校协同创新中心是加快世界“一流大学”和“一流学科”建设进程,深入推进国家创新驱动发展战略的重要举措。建设好高校协同创新中心的前提和基础是选择合适的合作伙伴,其关键是构建与之适配的协同创新运行机制。从目前高校协同创新中心运行现状来看,协同创新的合作主体间缺乏协调性、互补性以及协同合作缺乏深度、效度的问题较为普遍。现有研究成果对高校协同创新中心组建前期的合作伙伴选择机理以及后期的主体合作关系等问题研究较少,对高校协同创新体制机制如何适应网络复杂系统的研究不够。因此,本论文以高校协同创新中心合作主体为研究对象,对高校协同创新中心的合作伙伴选择决策及主体间合作机制进行深入研究,以期为高校协同创新中心建设提供理论指导和实践参考。本论文以高校协同创新中心合作主体（合作伙伴）为研究对象,以高校协同创新内涵为研究逻辑起点,按照“主体合作决策—主体合作机制设计—主体合作绩效评价—主体合作关系发展”的研究思路,基于网络组织和系统学的相关理论,综合运用文献研究法、专家调查法、模糊集技术、博弈论和传染病模型等研究方法,对高校协同创新中心合作伙伴选择决策、主体间合作的动力机制和过程运行机制以及绩效评价机制进行系统的研究,提出了深化高校协同创新中心主体间合作关系发展的对策和政策建议。本论文研究主要围绕以下四个方面展开:（1）高校协同创新中心合作伙伴的选择决策研究。论文基于高校协同创新中心合作伙伴的主体功能和结构分析,提出了牵头单位（高校）选择合作伙伴应综合评判候选合作伙伴的主体表现和协同表现,阐述了高校协同创新中心合作伙伴选择决策过程,构建了合作伙伴选择决策的概念模型。在此基础上,论文运用专家调查法和文献研究法确立了合作伙伴的综合评价指标体系,并运用模糊多指标决策方法建立了高校协同创新中心合作伙伴选择决策的数学模型。（2）高校协同创新中心主体间合作运行机制研究。论文基于知识扩散理论及其动力学分析,阐释了高校协同创新中心的驱动机理和主体间合作的动力机制,确立了高校协同创新中心主体间合作运行过程的核心机制:信息沟通机制、利益分配机制和风险管理机制。基于知识传播机理分析,运用SIR传染病模型,建立了高校协同创新中心主体间合作的信息传播模型和信息沟通机制;基于知识决策的利益分配机制研究,分析了影响高校协同创新的资源投入因素和预期收益因素,建立了基于多人Nash协商的利益分配模型;基于知识应用的风险研究,分析了高校协同创新中心的风险来源并提出了相应的风险管理机制。（3）高校协同创新中心主体间合作绩效评价机制研究。运用文献分析法、专家调查法和系统工程方法技术,确立了影响高校协同创新中心主体间合作绩效的因素备选集,并形成了相关研究假设,构建了高校协同创新中心主体间合作绩效影响因素的解释结构模型。在此基础上,运用AHP方法分析了不同影响因素对最终决策目标的重要程度,通过测度关键影响因素和确定相关指标权重,建立了高校协同创新中心主体间合作绩效的综合评价模型。（4）高校协同创新中心主体间合作关系发展的对策研究。基于高校协同创新系统的稳定性机理,提出了深化高校协同创新中心主体合作关系发展的四条路径（合作主体行为整合、合作系统界面管理、合作伙伴关系优化、合作主体信任管理）。基于政府在推进创新驱动发展战略中的主导地位及其在高校协同创新系统中的主体角色,提出了加强协同创新政策制度建设、完善协同创新法律保障体系、推动协同创新平台建设、完善协同创新评价监督机制等四个方面的政策建议。本论文的创新点主要体现在三个方面:一是构建了高校协同创新中心合作伙伴选择决策模型。基于高校协同创新中心合作伙伴的主体功能和结构分析,阐释了高校协同创新中心合作伙伴选择决策过程,构建了合作伙伴选择决策模型。二是构建了高校协同创新中心主体间合作的动力机制模型和运行机制模型。基于网络知识扩散理论,运用生物学视角及SIR传染病模型,将生物学基因理论和组织基因思想运用到高校协同创新的全过程,构建了高校协同创新中心主体间合作的动力机制和运行机制。三是构建了高校协同创新中心主体间合作绩效的评价模型,提出了非线性增量的动态绩效评价机制,提出了深化高校协同创新中心主体间合作关系发展的有效路径和政策建议。