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热应激对动物生殖影响日益突显，已成国际研究热点。热应激影响胚胎细胞存活、增殖、凋亡、发育等生物学过程并影响部分基因的转录。囊胚与子宫内膜具有较好的同步性、附植率高，且因基因组活化使其更具耐热性，因此牛囊胚移植在生产中越来越普遍。然而，夏季热应激是导致牛胚胎丢失和繁殖力下降的主要因素，在许多国家已造成严重的经济损失。RNA-Seq因其测序的深度及准确度，可以帮助我们研究基因的表达及调控方式并发掘相关功能基因，已被广泛应用。 本研究利用RNA-Seq技术分别对正常组小鼠囊胚（37℃）和热应激组小鼠囊胚4个文库（42℃）进行了测序，每个样本两个重复，研究了热应激下小鼠囊胚的转录本变化。与正常组囊胚相比，热应激小鼠囊胚有704个基因转录表达差异显著（p<0.05），其中上调基因407个，下调基因297个。运用荧光定量PCR随机选择差异表达基因进行验证，与RNA-Seq结果相比基因相对表达趋势一致，表明测序结果较为准确。在差异表达基因中，热应激蛋白家族（HSPs）、凋亡基因和 MAPK信号通路相关基因在热应激下差异明显。对已知的差异表达基因进行GO和KEGG功能富集分析，由GO功能分析可知，热应激小鼠囊胚差异表达基因功能主要涉及外源性凋亡信号通路、骨髓细胞分化调节、呼吸链和胚胎发育调控等过程。KEGG富集分析表明MAPK信号转导通路差异显著。本研究的数据将为热应激下小鼠囊胚的分子变化及调控机制提供理论依据。