EST-SSR标记是近年来发展的基于表达序列标签数据库的一种新型分子标记。广泛地应用在遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、遗传图谱的构建、比较基因组学等方面。研究 EST-SSR标记在物种间的通用性，可以减少引物开发成本，进而更好地应用于物种的遗传育种工作。兰属植物在我国栽培历史悠久，具有极高的观赏价值，而国兰的育种工作还主要停留在对野生种的选育上，品种改良进展缓慢，人工育种工作开展较少。目前，在NCBI上登录了8845条蝴蝶兰属EST序列，资源很丰富，利用蝴蝶兰属EST资源，探索蝴蝶兰属EST-SSR标记在兰属上的通用性，加速开发物种间的有效 EST-SSR标记，为兰属的遗传育种、品种鉴定等奠定基础工作。本研究根据已有报道，选取136对蝴蝶兰 EST-SSR引物，分别用23个春兰，11个蕙兰，10个建兰，10个寒兰和10个墨兰品种基因组DNA作模板，进行 PCR扩增和扩增产物的多态性分析，取得的结果如下：　　（1）136对蝴蝶兰EST-SSR引物，在供试的春兰、蕙兰、建兰、寒兰、墨兰中，分别有20、23、21、12、15对扩增出预期产物；有10、12、10、9、7对引物分别在春兰、蕙兰、建兰、寒兰、墨兰中扩增产物显示多态性。　　（2）选用有多态性的引物对五大类国兰品种进行 PCR扩增，有4对 EST-SSR引物在五大类国兰品种间均有多态性，这4对引物在64个国兰品种上共检测出26个等位基因，每对引物检测到的等位变异数目4~9个，平均6.5个；SSR引物多态性信息量(PIC)变化范围为0.210~0.527，平均为0.398。　　（3）利用这4对EST-SSR引物对64份兰属品种进行UPGMA聚类分析，结果表明：64个国兰品种间的遗传相似系数在0.520~0.980之间，在遗传相似系数为0.74时，64个国兰品种可以分为四大类，第一大类（Ⅰ类），共34个材料，又可分为两大亚类：一类（A类）主要为春兰品种，另一类（B类）主要是蕙兰品种。第二大类（Ⅱ类），共有13个材料，其中10个建兰品种，3个寒兰品种。第三大类（Ⅲ类），共有7个材料，主要为寒兰品种。第四大类（Ⅳ类）共有10个材料，包括10个墨兰品种。　　上述研究结果表明了在兰属与蝴蝶兰属间开发和建立可通用 EST-SSR引物和标记是可行的。利用 EST-SSR标记分析品种间遗传多样性和亲缘关系，可以为国兰栽培育种工作提供基础材料。