如今,环境污染日益严峻,环境问题已经成为全球问题,随之而来的环境侵权案件也越来越多。由于环境侵权不同于一般的侵权案件,使得污染行为与损害结果之间因果关系的认定变得尤为困难,传统因果关系理论已经暴露出了诸多的问题,再也不能满足新型案件的需要了。但是它又决定着行为人是否构成环境侵权,具有相当重要的地位,因此在对环境侵权因果关系的认定上,需要寻找新的合理恰当的方法,才能满足如今的需求,才能更好地保护双方当事人的利益,才能更好地体现出法律的公平正义。国外许多国家对环境侵权因果关系的认定都有着适合自己的一套方案,其中较为典型的主要有德国和日本。在这些国家中,大部分都采取了因果关系推定的方法。然而我国并没有法律具体规定以什么样的方式方法来判断因果关系,因此不同的法官在审理时会运用不同的方法,也就会导致不同结果的出现。具体来说,人民法院在审理环境侵权案件时常常采用两种方法:举证责任倒置和因果关系推定。本文介绍了三个案例,即曲忠全诉山东富海实业股份有限公司大气污染责任纠纷案、袁科威诉广州嘉富房地产发展有限公司噪声污染责任纠纷案与赵洪明诉随州市闽丰石业有限公司土壤污染责任纠纷案。这三个案例都是刚刚审理完毕,并且也较为典型。因此从这三个案例中能够更好地看出我国人民法院在审理环境侵权案件时,是如何使用上述两种方法对因果关系进行认定的。通过对举证责任倒置与因果关系推定两种认定方法在立法与司法实践上的分析,并且将两者进行比较,结合我国环境侵权因果关系认定中存在的问题,笔者进一步提出合理化建议,也就是要建立因果关系推定制度。主要包括四个方面:一是要在法律中明确规定环境侵权因果关系推定制度,使得将因果关系推定的适用有法可依;二是要确立统一的环境侵权因果关系推定的适用步骤;三是要完善专家辅助人制度,使法官对科学证据的判断能够更理性;四是要根据不同案件,运用不同的因果关系推定理论。