随着WTO“后过渡期”的到来，建筑工程质量检测等工程机构根据国际通用要求必须成为具有独立法人资格、第三方独立的中介机构。我国于2000年对全国的科研院所进行了改革，科研院所从国家事业单位改变为国有企业，研究院所被推向市场，参与竞争。 目前我国建筑行业发展处于十分活跃的阶段，同时市场竞争也非常激烈。重庆市建筑科学研究院是转制企业中的典型，科研单位与企业的双重身份决定了建科院必须立足科技研发，创造核心竞争力。从2000年转轨开始至目前的这段转型期间，重庆市建筑科学研究院探索出了一些经营管理经验，经济业务上取得了较大发展，但也出现了不少新问题，尤其是原有的财务管理制度已明显不适应目前经济业务发展的需求。 本文围绕改制后的科研单位财务管理制度设计为研究中心，在借鉴国内外现代财务管理模式的基础上，对比建科院自改制之初到发展至今日的变现能力、资产管理能力、盈利能力、负债比率、净资产收益能力等各项财务指标，分析建科院原有财务管理工作中的缺点与不足，根据具体分析结果，确定了如何完善财务管理制度，提高管理水平提出新的设计思路，明确了建科院作为改制科研企业的价值目标，从财务预算、资金管理、内部控制、分配制度等几个重点内容提出建科院财务管理制度设计的框架，以期加强建科院财务管理的科学化，推动建科院作为科研改制企业在建筑行业科研技术服务中的发展。