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为改善主体功能区生态资源环境现状，各级政府除了进行中央到地方政府之间财政资金的间接合作，还进行了主体功能区之间财政资金的直接合作。随着雾霾、水资源等环境问题加深，引发政府公信力危机，社会公众更加关注政府对用于保护主体功能区的生态预算资金的来源与使用情况。因而有必要将现行散落在传统政府预算资金与不同主体功能区之间转移资金加以整合，形成主体功能区生态预算合作资金。因为这些资金都用于主体功能区的生态资源环境管理，所以对主体功能区生态预算合作资金的信息披露加以研究，对提高各级政府的公信力有重大意义。