随着我国经济转型的逐渐深化以及国家对知识产权的日益重视，我国专利事业取得了长足发展，专利法律制度也日臻完善。但是在专利侵权诉讼中，尤其是在新产品制造方法专利侵权诉讼中，还存在着很多法律适用方面的争议和问题。虽然最高院2009年发布了《最高人民法院关于审理侵犯专利权纠纷案件应用法律若干问题的解释》，但是该解释依然未能解决我国在新产品制造方法专利司法保护中存在的许多深层次问题。本文系统讨论了新产品制造方法专利保护制度所存在的诸多问题及成因，并在借鉴国外相关司法实践的基础上提出完善相应法律制度的建设性意见。基于以上研究思路，本文研究内容主要包括以下三章：第一章分析了新产品制造方法专利保护制度的整体构成并探讨了制度背后的理论基础。第二章探讨了新产品制造方法专利保护制度在司法实践中所存在的主要问题及问题成因。主要从方法专利“延伸保护”制度以及新产品制造方法专利举证责任倒置制度两个方面进行研究。认为方法专利延伸保护制度所存在的主要问题在于对“延伸保护范围”的界定过于狭窄；而在新产品制造方法专利举证责任倒置制度方面所存在的主要问题包括四个方面：第一、相关法律制度适用过程中对于“新产品”和“相同产品”的认定存在问题；第二、举证责任倒置制度与商业秘密的保护存在冲突；第三、举证责任倒置制度缺乏时效规定，容易导致制度的滥用，从而侵犯公众利益；第四、新产品制造方法专利保护举证过程中司法鉴定程序存在问题，司法鉴定结论缺乏公信力。第三章结合方法专利“延伸保护”制度与新产品制造方法专利举证责任倒置制度的国外司法实践，提出解决我国新产品制造方法专利保护制度所存在问题的基本思路，并提出了完善制度的具体构想。在方法专利“延伸保护范围”界定方面，建议改变狭义的认定标准，引入“本性损害检验法”概念，结合美国专利法实践，合理扩大我国方法专利“延伸保护”制度保护的范围；在新产品制造方法举证责任倒置制度方面，主要提出了三个方面建议：首先，在举证责任倒置制度判定标准方面，建议采用《TRIPS协议》第三十四条方案（b），避免过于复杂的判定过程；其次，在举证责任倒置制度时效设置方面，建议建立分类具体的举证责任倒置制度适用时效体系，实现方法专利权人利益与公众利益的平衡；最后，在新产品制造方法专利中核心的技术问题判定环节，建议出台具体的知识产权司法鉴定规则，建立健全的知识产权司法鉴定相关制度，提高专利诉讼的效率和公正性。