耐碳青霉烯大肠埃希菌分子特征和同源性分析

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目的1.了解某综合性三甲医院CREC的耐药特点和临床分布。2.分析CREC的分子流行病学特征。3.探讨CREC产碳青霉烯酶表型和携带的碳青霉烯酶基因。4.为院感管理部门及临床防控和治疗CREC感染提供理论支持。方法1.收集2015年1月-2019年12月安徽医科大学第一附属医院临床标本检出的大肠埃希菌(ECO),筛选出对亚胺培南、美罗培南或厄他培南耐药的菌株,转种血琼脂培养基复苏细菌,剔除重复分离株和死亡株。2.采用梅里埃Vitek-2 Compact细菌鉴定仪和MALDI-TOF-MS质普仪进行细菌鉴定,使用Vitek-2 Compact配套的GN13药敏卡和纸片扩散法进行药物敏感性测定。3.使用改良Hodge试验(MHT)、改良碳青霉烯类灭活法(mCIM)和Carba NP试验进行碳青霉烯酶表型筛查。4.聚合酶链反应(PCR)检测碳青霉烯酶基因bla KPC、bla NDM、bla VIM、bla IMP、bla BIC、bla SPM、bla AIM、bla GIM、bla DIM、bla SIM、bla GES、bla OXA-48,将扩增阳性产物进行测序,测序结果在Blast程序中进行比对。5.用ERIC-PCR指纹图谱分析CREC不同菌株之间的同源性。结果1.2015-2019年,共收集ECO 6092株,其中CREC 71株,每年CREC的检出率分别为1.00%(12/1198)、1.12%(14/1247)、1.01%(13/1287)、1.22%(15/1230)、1.50%(17/1130)。CREC主要来自尿液和痰液样本;ICU和烧伤科来源的菌株数较多,分别为8株和7株。2.CREC对β-内酰胺类抗生素耐药率接近100%,对环丙沙星、左氧氟沙星和复方新诺明的耐药率都在70%以上,仅对阿米卡星和妥布霉素的耐药率稍低,分别为30.99%、47.89%。3.71株CREC中MHT、mCIM和Carba NP试验阳性的菌株数分别为45株,67株和69株,阳性率分别为63.38%、94.37%、97.18%。4.71株CREC中43株检出碳青霉烯酶基因,其中34株携带bla NDM、9株携带bla KPC。将测序结果在Blast程序中比对后发现34株携带bla NDM的菌株中,7株携带bla NDM-1、27株携带bla NDM-5;9株携带bla KPC均为bla KPC-2。其他碳青霉烯酶基因如bla OXA-48、bla VIM、bla IMP等均未检出。5.ERIC-PCR指纹图谱显示CREC被分为19种基因型,用A-S表示,其中A型9株,B型8株,C型7株,D型6株,E型6株,F型5株,G型5株,H型4株,I型4株,J型4株,K型3株,L型2株,M型2株,N型、O型、P型、Q型、R型、S型各1株。结论1.我院CREC的检出率基本维持在低位水平,平均为1.17%,且分离至各个临床科室,ICU和烧伤科来源的菌株数量略高于其他科室。菌株样本来源以尿液为主,其次是痰液。CREC对常见抗生素呈现多重耐药、泛耐药特征,对妥布霉素和阿米卡星保持一定的敏感性,可作为联合用药的备选药物。2.本院CREC分为19种基因型,分布于不同科室,遗传多样性较高,以散发为主。3.mCIM和Carba NP试验筛查碳青霉烯酶表型的敏感性较MHT试验高,实验室可根据自身条件选择一种进行碳青霉烯酶的表型筛查。本院CREC主要携带的碳青霉烯酶基因是bla NDM,其次为bla KPC-2。bla NDM-5亚型较bla NDM-1亚型居多,未见一株细菌同时携带2种以上耐药基因现象,另有28株CREC未检出耐药基因。
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