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本研究利用微卫星DNA标记和线粒体DNA两种分子标记从核内和核外遗传物质两个水平研究了甘肃境内6个牦牛群体（玛曲牦牛、碌曲牦牛、夏河牦牛、天祝牦牛、天祝白牦牛和肃南牦牛）的遗传多样性，并进行了聚类、网络关系、主成分和遗传结构等的分析，主要得出以下结论：1．甘肃境内6个牦牛群体240个个体15个微卫星座位共检测到146个等位基因，15个微卫星座位平均等位基因数为9.73。15个微卫星座位中，MGTG7座位多态性最高。15个微卫星座位在每个群体中共发现的等位基因数的范围为74～106个，其中在玛曲牦牛群体中为最多（106个），其次为碌曲牦牛群体（99个）和夏河牦牛群体（96个），在天祝牦牛群体为91个，肃南牦牛群体为87个，在天祝白牦牛群体仅为74个。2．杂合度和多态信息含量的数值表明在研究的6个牦牛群体中，来自于甘南藏族自治州的3个牦牛群体的遗传多样性较丰富，而天祝白牦牛和肃南牦牛群体的遗传多样性较低。3．DA和DS遗传距离的数值表明，在研究的6个牦牛群体中，来自于甘南藏族自治州的3个牦牛群体（玛曲牦牛、碌曲牦牛和夏河牦牛）具有较近的亲缘关系，其余3个来自祁连山的牦牛群体（天祝牦牛、天祝白牦牛和肃南牦牛）表现出较近的亲缘关系。4．在以DA和DS遗传距离为基础构建的NJ系统树中，6个牦牛群体分为明显的两支，即天祝牦牛、天祝白牦牛和肃南牦牛3个群体聚为一类，而玛曲牦牛、碌曲牦牛和夏河牦牛群体另为一类。5．主成分PC1-PC2-PC3的三维空间分析结果表明，碌曲牦牛群体、夏河牦牛群体和玛曲牦牛群体具有相似的主要成分，而天祝牦牛、天祝白牦牛和肃南牦牛3个群体间具有相似的主要成分。6．甘肃境内6个牦牛群体15个微卫星座位等位基因数据的遗传结构推导分析表明：当k=2时，肃南牦牛群体、天祝牦牛群体和天祝白牦牛群体在遗传结构相似，可归为一类，而玛曲牦牛群体、碌曲牦牛群体和夏河牦牛群体在遗传结构上相似，归为另一类。7．研究发现甘肃境内6个牦牛群体240个个体的mtDNA D-loop全序列长度变异为891～895bp，其中(G+C)含量为38.80%，(A+T)含量为61.20%，说明甘肃境内6个牦牛群体mtDNAD-loop区富含A和T。8.6个牦牛群体240个体mtDNA D-loop序列共发现60个变异位点，变异主要集中在200～400bp之间，变异位点数为29个，占总变异位点数的48.33%，说明该区域为牦牛mtDNAD-loop区的高变区。9．甘肃境内6个牦牛群体240个牦牛mtDNA D-loop序列通过分析共发现41种单倍型。其中在玛曲牦牛和碌曲牦牛群体发现的单倍型数最多，均为21个，其次为夏河牦牛群体，单倍型数为18个，但在天祝白牦牛群体发现的单倍型数最少，仅为11个。单倍型多样度在玛曲牦牛群体和碌曲牦牛群体都较高，其值均在0.900以上，但在天祝白牦牛群体较低，仅为0.662；其次在肃南牦牛群体中也较低，为0.754。核苷酸多样度的数值反映的结果与单倍型多样度反映的结果一致，平均核苷酸差异数（k）以玛曲牦牛群体最高，为16.47，而在天祝白牦牛群体仅为8.20。10．用41个研究发现的牦牛mtDNA D-loop的单倍型序列构建的系统发生树和网络关系分析表明，甘肃境内6个牦牛群体可能具有2个母系起源，这一结果与6个牦牛群体核内微卫星DNA标记研究结果一致。