高校科技园的发展，对高新技术培育和企业技术创新发挥了积极的作用，而孵化器功能作为高校科技园的核心功能，更是扮演着项目孵化、企业孵化和人才孵化的重要角色。本文的研究，既是对高校科技园实践工作的一次理论提升，也是对高校科技园孵化器功能管理问题进行的一次理论探索。 论文在对高校科技园及孵化器相关研究及有关理论进行系统梳理后，从高校科技园概念界定及特征、高校科技园与其他科技园的关系、高校科技园功能结构、孵化器功能内涵及结构、高校科技园孵化流程方面，对高校科技园孵化器功能进行了概念构建；并以此为基础设计了高校科技园孵化器功能的分析框架，并从创新集成视角进行了孵化器功能的影响要素分析。 论文以南京高校科技园为调研对象，通过孵化器功能影响要素的个案分析，比较研究得出关键影响要素为管理模式，并分析了管理模式存在的的组织机构设置不合理及主体利益关系失调问题。在此基础上，论文进行了高校科技园组织机构设置的优化和主体利益机制优化，提出了行政管理体系与市场运作体系相耦合的组织机构设置，主体利益激励、利益均衡及约束调节机制，这是对高校科技园孵化器功能的一种管理创新。 论文的特色在于，从关键概念的界定入手，设计孵化器功能的影响要素结构体系，在分析中着眼于孵化器功能的流程和内在规律，关键影响要素优化设计着眼于我国高校科技园发展的实际，兼顾宏观调节与市场化需要，均衡各方利益，对孵化器功能的提升及高校科技园的发展有重要意义。