基于文献的针刺效应分子网络构建方法研究 ——以单纯性肥胖为例

来源 :中国中医科学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:andysonz
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1研究背景针灸学源远流长,具有独特的理论体系和思维模式,几千年来指导着临床实践。为了探求针刺治疗疾病的机制和原理,针刺效应机制相关实验不断开展,成为针灸学领域研究的重点和热点问题。目前,这些针刺效应研究数据散在海量文献中,难以进行系统整合和分析挖掘,更无法快速地给研究者提供直观清晰的知识,也不便于进行知识之间的关联检索。2研究目的基于大数据思想,通过整合针刺动物实验文献、针刺临床基础实验文献和针刺临床随机对照试验文献,构建和完善针刺效应数据库(AcuEBase)及可视化平台。采用复杂网络的方法探究针刺治疗单纯性肥胖的作用机制,为针刺治疗疾病机制研究及临床提供参考。3研究内容与方法3.1研究内容一针刺效应文献结构化要素研究通过文献研究,从针刺效应研究内容、针刺效应机制及其影响因素,以及目前针刺效应机制的研究方法等方面进行文献计量学分析,了解针刺效应文献的结构化要素,为针刺效应数据库的构建及完善奠定基础。3.2研究内容二针刺效应数据库的构建和完善从文献筛选、加工、规范角度描述了针刺效应数据库(AcuEBase)的构建过程,展示表结构设计和各个模块的数据情况,详细介绍了 AcuEBase可视化平台的功能,为下一步针刺效应数据分析及方法学探索提供数据支持。3.3研究内容三基于AcuEBase的针刺治疗单纯性肥胖取穴规律研究基于AcuEBase数据库中的针刺临床随机对照试验模块数据,对针刺治疗单纯性肥胖不同证型的取穴规律进行研究。描述性分析运用Excel2016分析频次及百分比。通过R语言(4.1.3版本)Apriori算法进行腧穴频繁项集和关联规则挖掘,通过arulesViz包进行网络可视化展示。依据单纯性肥胖各证型的辨证特点,使用ruleExplore工具进行交互式动态网络调整,获得针刺治疗不同证型单纯性肥胖的核心穴位组合。3.4研究内容四基于AcuEBase的针刺治疗单纯性肥胖机制探索研究在上述研究的基础上,结合AcuEBase数据库中的动物实验模块、临床基础实验模块数据,以及目前权威的基因表型在线数据库、蛋白质相互作用数据库,进行针刺治疗单纯性肥胖的机制探索研究。分别采用“穴位-靶点”网络和“内源性配体-靶点”网络探索针刺治疗单纯性肥胖的机制。同时也完成了基于文献的针刺效应分子网络构建方法探索研究过程,期待为针刺效应机制研究的信息学方法做出新的尝试。4研究结果4.1研究内容一针刺效应文献结构化要素研究(1)针刺效应是指针刺刺激对机体的生理、病理过程的影响,是通过针刺这种非特异性刺激激发或诱导体内固有的调节系统,使失调、紊乱的生理、生化过程恢复。(2)针刺效应研究主要涉及神经传导、体液循环、生物场,以及基于生物信息的分子机制研究等方面。(3)针刺效应影响因素多种多样,主要有针刺部位、针刺方法和健康状态等。(4)针刺效应研究方法主要涉及实验研究方法和信息方法。现代针刺效应研究是实验验证、临床试验和数据分析预测的交替结果和螺旋上升阶段,前者为后者提供的数据分析基础,后者为前者提供预测方向,两者相互促进。4.2研究内容二针刺效应数据库的构建和完善(1)针刺效应数据库分为针刺动物实验、针刺临床基础实验、针刺RCT试验三个模块。每个模块数据由核心数据元素和特征性数据元素组成。核心数据元素主要有病理状态、针刺干预和针刺效应三类。特征性数据元素与模块文献类型与内容相关,如动物实验模块包括动物模型、动物物种、伦理陈述。(2)针刺效应数据库(AcuEBase)收录14284篇动物实验文献,2137篇临床基础实验文献,14609篇临床RCT文献。目前,针刺动物实验模块涉及针刺穴位459个,穴位使用频率19943次,针刺效应共计1108条。针刺临床基础实验模块纳入病理状态498种,出现频次2121次,针刺穴位592个,穴位使用频次17454次,针刺效应1068条,频次共计5224次。(3)针刺效应数据库可视化平台提供多角度文献数据源筛选功能,并以树形模式、圆形模式、网状模式3种方式展示文献中涉及的疾病、穴位、效应、疗法、组织器官等知识元及其之间的关系,为数据可视化展示以及分析挖掘提供辅助。4.3研究内容三基于AcuEBase的针刺治疗单纯性肥胖取穴规律研究(1)针刺治疗单纯性肥胖主穴处方分析:核心腧穴为天枢、足三里、中脘、丰隆、三阴交、关元、阴陵泉、气海,主要涉及经络以胃经、任脉、脾经为主;特定穴除交会穴外,五输穴、募穴、背俞穴使用较多。(2)针刺治疗单纯性肥胖证型处方分析:脾虚湿阻证的核心腧穴为足三里、丰隆、三阴交、气海、阴陵泉、中脘、大横、水道,胃热湿阻证的核心腧穴为足三里、阴陵泉、丰隆、三阴交、中脘、气海、水道,肝郁气滞证的核心腧穴为太冲、中脘、大横、气海、三阴交、肝俞,脾肾两虚证的核心腧穴为脾俞、肾俞、三阴交、太溪、关元、气海、大横,气滞血瘀证的核心腧穴为血海、太冲、气海、大横、丰隆、三阴交,阴虚内热证的核心腧穴为三阴交、太溪、肾俞、肝俞、关元、丰隆、大横。4.4研究内容四基于AcuEBase的针刺治疗单纯性肥胖机制探索研究(1)基于“穴位-靶点”网络探索针刺治疗单纯性肥胖的作用机制:针刺治疗脾虚湿阻证、胃热湿阻证、肝郁气滞证、脾肾两虚证、气滞血瘀证和阴虚内热证的潜在靶点分别为262、263、147、158、155、175个。蛋白质互作网络(PPI)分析结果提示针刺治疗单纯性肥胖各证型核心靶点类似,可能通过IL6、TNF、IL1B、CASP3等蛋白发挥作用。针刺刺激机体可能通过调节PI3K/AKT信号通路、MAPK信号通路等,达到调节胰岛素水平、改善胰岛素抵抗的作用,以及减轻IL6、TNF-α、IL1B等炎症因子释放,改善氧化应激,减少脂质沉积和体重增加。(2)基于“内源性配体-靶点”网络探索针刺治疗单纯性肥胖的作用机制:本研究通过针刺动物实验和针刺临床基础实验,获得13种针刺治疗单纯性肥胖机体产生的内源性配体,如5-羟色胺(5-HT)、β内啡肽(β-Endorphin)、多巴胺(DA)、神经肽Y(NPY)、肿瘤坏死因子(TNF)、胰岛素(insulin)等。基于“内源性配体-靶点”网络,通过将针刺治疗时产生的活性物质如肿瘤坏死因子(TNF)、5-HT和神经肽Y,进行网络靶点映射及富集分析,结果显示cAMP信号通路、JAK/STAT信号通路等可能为针刺治疗单纯性肥胖发挥作用的通路。针刺刺激机体可能通过调节食欲及摄食行为、调节脂肪细胞分化,达到改善糖代谢,以及减轻炎症因子释放,改善氧化应激的作用。5研究结论(1)基于文献的针刺效应分子网络构建方法,主要包括明确研究对象、检索数据库、构建针刺分子网络、筛选潜在作用靶点、蛋白质相互作用分析、GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析六个步骤。明确研究对象:即明确主要研究疾病或健康状态的针刺机制。通过文献调研明确针刺治疗某疾病或症状的有效性,基于此进行针刺机制的研究。检索数据库:通过检索AcuEBase数据库,获取针刺机制相关影响因素信息及针刺效应信息。构建针刺分子网络:对检索获取的数据库数据进行整理筛选,为保证数据的准确性,选取“共现频次≥2”的部分数据纳入研究,即由两个或两个以上实验证实的数据。然后依据研究目的,进行“穴位-靶点”或“内源性配体-靶点”分子网络构建。筛选潜在作用靶点:通过目前权威的基因表型在线数据库等或者疾病或症状群相关基因,结合上述数据获得针刺治疗共同靶点,即为针刺机体潜在影响疾病或症状群的作用靶点。蛋白质相互作用分析:将上述获得的共同靶点输入STRING数据库,得到蛋白质相互作用的网络关系数据,依据研究目标及网络关系数据,设定阈值形成网络并进行核心靶点筛选。GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析:通过R语言软件或DAVID数据库等工具,进行基因本体论(GO)富集分析及京都靶点百科(KEGG)通路分析,获得显著富集且与研究疾病相关的通路及生物学过程,P<0.05表示具有统计学意义。(2)针刺治疗单纯性肥胖与PI3K/AKT和MAPK信号通路、cAMP通路、JAK/STAT通路相关。本研究从“穴位-靶点”网络和“内源性配体-靶点”网络两个方面,探究针刺穴位治疗单纯性肥胖的作用机制,结果表明针刺治疗可通过多靶点、多通路干预单纯性肥胖。针刺刺激机体产生内源性配体如肿瘤坏死因子(TNF)、5-HT和神经肽Y,进而可能通过调节PI3K/AKT信号通路、MAPK信号通路、cAMP信号通路、JAK/STAT信号通路等,达到调节胰岛素水平、改善胰岛素抵抗,以及减轻IL6、TNF-α、IL1B等炎症因子释放,达到改善氧化应激、减少脂质沉积和体重增加的作用。(3)基于文献的针刺效应分子网络构建方法探索研究,为针刺机制研究提供一种新思路。针刺作用有别于西药“点-点”“点-系统”的作用模式,整体调节是中医针灸的特色与优势,是针刺临床应用范围广泛且疗效显著的重要原因。如何将大量实验研究数据整合分析,基于复杂系统和整体观思想研究针刺效应的多因素、多水平、多系统共同作用的复杂过程,值得深刻思考。本次研究中,基于文献的针刺效应数据库涵盖针刺相关的三大模块,纳入实验验证的针刺效应影响因素相关数据信息,在此基础上形成展示平台以协助研究分析。以单纯性肥胖为例,采用复杂网络的方法从“穴位-靶点”网络和“内源性配体-靶点”网络两个方面,探究针刺穴位治疗单纯性肥胖的作用机制,为构建分子网络分析针刺治疗机制研究进行方法学探索。
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