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本研究以罗斯308肉鸡为研究对象,探讨DNA甲基化和lnc RNA在传染性法氏囊病病毒（Infectious Bursal Disease Virus,IBDV）与LPS诱导的肉鸡系统性炎症反应中的作用。主要应用实时荧光定量PCR、Me DIP-PCR和相关性分析等,研究IBDV及LPS诱导肉鸡系统性炎症反应中,法氏囊、肌肉、肝脏、脾脏中lnc RNA、促炎细胞因子、凋亡相关基因的表达及其甲基化水平,并分析其相关性。旨在初步探讨DNA甲基化和lnc RNA在肉鸡炎症反应中的作用,为充分理解炎症的发生机制提供新的理论基础。1、IBDV感染21日龄罗斯肉鸡后5 d,其法氏囊中IL-6和VP2的基因表达显著或极显著高于相应对照肉鸡（P＜0.05或P＜0.01）,促凋亡基因Caspase-8和Caspase-3的基因表达极显著低于相应对照肉鸡（P＜0.01）,抑凋亡基因Bcl-2的基因表达与对照组相比极显著升高（P＜0.01）。Me DIP-PCR发现,IL-6基因启动子的甲基化水平与对照组相比极显著降低（P＜0.01）,Caspase-3基因启动子的甲基化水平与对照组相比显著升高（P＜0.05）,而Bcl-2基因启动子的甲基化水平与对照组相比极显著降低（P＜0.01）。2、IBDV感染21日龄罗斯肉鸡后5 d,与对照组相比,法氏囊中lnc0151、lnc DHCR24、lnc0202和lnc0128的表达量显著或极显著降低（P＜0.05或P＜0.01）;lnc0035、lnc0119和TCO619的表达量显著或极显著升高（P＜0.05或P＜0.01）。分析了这些lnc RNA表达量与IL-1β、IL-6及凋亡相关基因表达量的相关性,结果表明,lnc0128与IL-1β的表达量呈显著负相关（P＜0.05）,lnc0202与IL-6的表达量呈显著负相关（P＜0.05）,TCO619与IL-6的表达量呈显著正相关（P＜0.05）。lnc0202与Caspase-3的表达量呈显著正相关（P＜0.05）,与Bcl-2的表达量呈显著或极显著负相关（P＜0.05或P＜0.01）,lnc0128与Caspase-8的表达量呈显著正相关（P＜0.05）,与Bcl-2的表达量呈显著负相关（P＜0.05）,lnc0035和TCO619均与Bcl-2的表达量呈显著正相关（P＜0.05）。3、14日龄罗斯肉鸡腹腔注射0.5 mg/kg体重的LPS,处理后2 h肉鸡肌肉、肝脏以及脾脏中IL-1β和IL-6的表达量均极显著高于对照组（P＜0.01）;检测了肌肉、肝脏和脾脏中凋亡相关基因的表达,发现与对照组相比,肌肉中Bcl-2和Caspase-8的表达水平显著或极显著升高（P＜0.05或P＜0.01）,Caspase-9的表达水平显著降低（P＜0.05）;肝脏中Caspase-3、Caspase-8和Caspase-9的表达水平极显著升高（P＜0.01）;脾脏中Bcl-2和Caspase-3的表达水平显著或极显著升高（P＜0.05或P＜0.01）,Caspase-9的表达水平显著降低（P＜0.05）。4、LPS处理后2 h,检测了肉鸡各组织中lnc RNA的表达。结果发现与对照组相比,肉鸡肌肉中lnc0035、lnc0181和TCO873的表达量显著或极显著升高（P＜0.05或P＜0.01）,lnc0119和lnc0151的表达量显著或极显著降低（P＜0.05或P＜0.01）;肝脏中lnc0035、lnc0181、lnc0202、TCO354、TCO873和pou BW1的表达量显著或极显著升高（P＜0.05或P＜0.01）,lnc0119、lnc0151、TCO501和lnc DHCR24的表达量显著或极显著降低（P＜0.05或P＜0.01）;脾脏中lnc0181、lnc0202、TCO619和TCO873的表达量显著升高（P＜0.05）,lnc0035、lnc0119、lnc0128和lnc DHCR24的表达量显著或极显著降低（P＜0.05或P＜0.01）。分析了在肌肉、肝脏和脾脏中均差异表达的lnc RNA表达量与IL-1β、IL-6表达量的相关性,结果发现,与对照组相比,肌肉中lnc0035与IL-1β的表达量呈显著正相关（P＜0.05）,其中lnc0119与2个促炎细胞因子的表达均呈极显著负相关（P＜0.01）,lnc0181和TCO873与2个促炎细胞因子基因表达量均显著或极显著正相关（P＜0.05或P＜0.01）。肝脏中lnc0035和TCO873与IL-1β和IL-6的表达量均呈显著正相关（P＜0.05）;脾脏中lnc0035和lnc0119与IL-6表达量分别呈显著和极显著负相关（P＜0.05或P＜0.01）,lnc0181和TCO873与IL-6表达量呈显著或极显著正相关（P＜0.05或P＜0.01）,TCO873与IL-1β的表达量呈极显著正相关（P＜0.05）。分析了在肌肉、肝脏和脾脏中均差异表达的lnc RNA表达量与凋亡相关基因表达量的相关性发现,对照组相比,肝脏中lnc0035的表达量与Caspase-3的表达量呈显著正相关（P＜0.01）,TCO873的表达量与Caspase-9的表达量呈显著正相关（P＜0.05）;脾脏中lnc0119的表达量与Caspase-6和Caspase-9的表达量均呈显著正相关（P＜0.05）,与Caspase-3的表达量呈极显著负相关（P＜0.01）,lnc0035的表达量与Caspase-3的表达量呈显著负相关（P＜0.05）,lnc0181的表达量与Bcl-2的表达量呈显著正相关（P＜0.05）。以上结果提示,IBDV能通过甲基化调节IL-6,Caspase-3和Bcl-2基因的表达,进而调控炎症和凋亡;且在IBDV和LPS诱导的炎症反应中,通过lnc RNA的表达与炎症因子和凋亡相关基因的相关性分析提示,lnc RNA可能参与了IBDV和LPS诱导的炎症和凋亡的调控。