21世纪人类进入知识经济时代，而创新则是这个时代的重要特征之一。聚集科技人才、科技成果、科技装备等创新要素的高校成为科学技术创新的重要领地。高技术产业成为社会经济发展的主要驱动力，各国政府都在不失时机地采取政策加速高技术及高技术产业的发展。高校企业孵化器作为加速科技成果转化、促进高技术发展的有效途径倍受各国政府的重视。我国政府对创办高校企业孵化器也给予了极大支持。高校企业孵化器不仅是实施科教兴国战略的需要，也是提高我国产业和经济竞争力的需要。但高校企业孵化器在我国还属于新生事物，管理模式和运行机制等方面还存在诸多不足，加强相关理论的研究势在必行，本论文对我国高校企业孵化器的管理模式和运行机制进行了创新研究。本论文系统阐述了高校企业孵化器的涵义、类型、功能和理论基础等基本理论，并对国内外高校企业孵化器管理模式及运行机制进行了比较研究，以美国硅谷、英国剑桥科技园和我国的清华大学科技园、武汉华中科技企业孵化器作为典型案例进行了系统分析和探讨，总结了国内外高校企业孵化器的发展现状、经验和教训，指出我国高校企业孵化器管理模式及运行机制存在的主要问题。在上述研究的基础上，论文提出我国高校企业孵化器管理模式及运行机制构建应遵循的基本原则，且在国内学术界率先从宏观指导层、中间管理层和微观运作层构建了我国高校企业孵化器的管理模式，从外部(高校、政府和社会)支撑环境和内部(硬环境和软环境)支撑环境构建了我国高校企业孵化器的运行环境，论述了我国高校企业孵化器运行过程中亟需建立和健全的企业化运作机制、竞争激励机制、资源共享机制、开放流动机制及风险投资机制等五大机制，提出了加快我国高校企业孵化器的对策和建议。