我国农村合作医疗是农民群众依靠集体力量，按照自愿和互助的原则，建立起来的一种医疗互助组织。其基本特点是：农民个人和农村集体经济在一定范围共同筹集合作医疗基金，对参加合作医疗的农民患病时所需的医疗费用给与一定比例的补助，具有自愿性、共济性和公平性的特点。农村合作医疗制度经过几十年的起伏发展，从2003年开始，政府加大投资力度，使这一制度具有了社会保险性质。同时，不断扩大试点范围，计划到2008年，在全国建立基本覆盖农村居民的，以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度。 本文侧重新型农村合作医疗制度运行机制研究。在前人的研究成果的基础上，运用社会保障理论和经济学、社会学等有关理论结合对平顶山下属市、县农村合作医疗发展的调查，采取定量分析与定性分析相结合，对当前农村新型合作医疗制度运行困境和对策机制进行全面研究。从宏观政策和微观制度层面上看，目前制约我国新型农村合作医疗制度可持续发展的根本性原因是制度机制问题；运行中的筹资机制困境是影响其发展的关键问题；基金运行机制困境是其可持续发展直接的现实问题。解决新型农村合作医疗制度运行中存在的困境，既不能照抄照搬外国经验和模式，也不可能依靠外生变量。只有建立一个科学合理的农村合作医疗制度模式，依靠其内在机制的有效运行，才能解决当前新型农村合作医疗运行中的各种困境。因此，充分发挥农村三级医疗服务的功能，建立长效的筹资机制以及严格的监管机制、合理的补偿机制和奖惩机制才能保证农村合作医疗制度的健康发展。文章还认为，我国正在进行新一轮的医疗体制改革，建立全覆盖、无缝隙、全社会统一的全民享有的医疗社会保障制度是未来最好的制度选择。 新型农村合作医疗制度的有效运行对于中国全面建设小康社会、社会主义新农村建设，农村现代化的实现，劳动力的保护以及体现“以人为本”，落实科学发展观，都具有重要意义。