健康扶贫工程是我国打赢脱贫攻坚战,实现2020年全面建成小康社会的重要战役。随着我国健康扶贫工程已经进入到三年攻坚时期,针对农村贫困患者的医疗保障机制进行研究,对进一步深化攻坚阶段的健康扶贫政策有一定的参考价值,同时也为建立2020年后的农村贫困人口长效医疗保障机制提供了思路和建议,具有实际的应用意义。随着2016年健康扶贫工程在全国的正式实施,各贫困地区已经基本建立了健康扶贫医疗保障体系。本文通过对重庆市国家级贫困县的健康扶贫基本数据进行分析,采用文献研究法、访谈法和调查法了解健康扶贫医疗保障机制的现状,结合协同理论对健康扶贫医保运行机制的结构框架进行梳理,发现一些地区还存在贫困患者医疗保障机制尚不完善、医保救助体系单一、管理考核体系不合理等问题,导致农村贫困患者的医疗保障水平尚未达到国家要求,因病致贫返贫的问题仍然突出。建议在接下来的健康扶贫工作中进一步完善贫困患者医保体系制度设计,建立多元化的医疗救助体系,制定科学合理的管理考核机制,同时逐步形成长效运行的健康扶贫农村贫困人口医疗费用兜底保障模式。