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赤水乌骨鸡是贵州省优良地方鸡种,具有黑羽、乌骨两个主要特征,但生产中发现其乌度在个体间的变异度较大,为了探讨造成赤水乌骨鸡乌度变异的分子机理,本研究以赤水乌骨鸡为研究对象,泰和乌鸡为对照,采用PCR直接测序技术筛选赤水乌骨鸡MC1R、TYR和MITF基因启动子区和外显子区SNPs位点,并与不同组织中黑色素相关物质含量进行关联性分析。同时利用荧光定量PCR技术分析了MC1R、TYR、MITF基因在不同品种不同组织中表达情况。研究主要结果如下:1.MC1R、TYR和MITF基因SNPs筛选对MC1R、TYR和MITF基因启动子区和外显子区共设计了24对引物,经PCR扩增测序共发现赤水乌骨鸡MC1R基因SNPs 16个(其中启动子区12个,外显子区4个);泰和乌鸡23个(其中启动子区15个,外显子区8个);赤水乌骨鸡TYR基因SNPs 7个(其中启动子区2个,内含子5个);泰和乌鸡6个(其中启动子区2个,外显子区2个,内含子2个);赤水乌骨鸡MITF基因SNPs位点18个(其中启动子区2个,外显子区1个,内含子15个);泰和乌鸡21个(其中启动子区2个,外显子区1个,内含子18个)。2.赤水乌骨鸡和泰和乌鸡黑色素沉积规律胸肌、腿肌和皮肤组织中5-羟基吲哚、黑色素、5-羟基吲哚-2-甲酸、真黑色素以及脱黑色素的含量,泰和乌鸡母鸡>泰和乌鸡公鸡>赤水乌骨鸡公鸡>赤水乌骨鸡母鸡,而肝脏中5-羟基吲哚、5-羟基吲哚-2-甲酸以及脱黑色素的含量为泰和乌鸡公鸡>赤水乌骨鸡公鸡>泰和乌鸡母鸡>赤水乌骨鸡母鸡;而肝脏中黑色素和真黑色素的含量为泰和乌鸡公鸡>泰和乌鸡母鸡>赤水乌骨鸡公鸡>赤水乌骨鸡母鸡,但胸肌、肝脏和皮肤中5-羟基吲哚、黑色素、5-羟基吲哚-2-甲酸、真黑色素以及脱黑色素的含量,在品种和性别间差异均不显著;而在腿肌中,5-羟基吲哚、黑色素、5-羟基吲哚-2-甲酸、真黑色素以及脱黑色素的含量,泰和乌鸡母鸡显著高于赤水乌骨鸡母鸡,而与泰和乌鸡以及赤水乌骨鸡差异不显著,此外,泰和乌鸡公鸡、母鸡以及赤水乌骨鸡公鸡三者之间差异不显著。3.MC1R、TYR和MITF基因多态位点与黑色素关联分析对筛选到的3个基因的启动子区和外显子区各SNPs位点各基因型在胸肌、腿肌、皮肤以及肝脏中黑色素相关指标进行关联性分析发现,在MC1R基因启动子区C-2175T位点,赤水乌骨鸡公鸡胸肌中黑色素相关物质含量CT基因型显著高于CC型;Exon1-G23A位点,赤水乌骨鸡母鸡胸肌中黑色素相关物质含量AA型显著高于AG型;Exon1-T398C位点,泰和乌鸡公鸡腿肌黑色素相关物质含量TC型显著高于TT型。此外Exon1-T212C位点,泰和乌鸡母鸡腿肌中黑色素相关物质含量均为TT型显著高于CC型,而TT型泰和乌鸡母鸡又显著高于CC型赤水乌骨鸡母鸡,TT型在赤水乌骨鸡母鸡分子育种可以作为辅助参考。此外,在MITF基因Exon7-T72C位点,泰和乌鸡母鸡的腿肌黑色素相关物质含量,TT型泰和乌鸡母鸡显著高于TC和TT型赤水乌骨鸡母鸡。4.两品种MC1R、TYR和MITF基因组织表达研究泰和乌鸡肝脏中MC1R基因表达量极显著高于赤水乌骨鸡(p<0.01);泰和乌鸡公鸡皮肤中TYR基因和MITF基因均极显著高于赤水乌骨鸡(p<0.01),结合上文测定的两品种鸡黑色素相关物质含量的测定结果,进一步推测这三个基因的表达有助促进黑色素相关物质的合成。综上所述,MC1R基因中发现4个与黑色素相关物质关联的位点,即C-2175T和Exon1-G23A可分别作为赤水乌骨鸡公鸡和母鸡乌度选育的遗传标记;Exon1-T398C位点可作为泰和乌鸡公鸡乌度选育的遗传标记;Exon1-T212C可作为赤水乌骨鸡母鸡乌度选育的辅助参照,此外MITF基因Exon7-T72C位点可能是影响泰和乌鸡母鸡和赤水乌骨鸡母鸡腿肌乌度差异的关键位点。