马铁菊头蝠（Rhinolophus ferrumequinum）是菊头蝠属内唯一分布于中国东北部的物种，其分布区跨越古北界和东洋界两大动物地理区系，是研究两大动物区系基因交流、第四纪气候变化和地质事件对中国翼手目动物多样性影响的理想物种。　　本研究共采集了中国12个省份97只马铁菊头蝠作为研究对象，运用微卫星标记方法，对其遗传多样性及遗传结构进行了详细研究。7个微卫星位点分析结果发现，与欧洲样本相比，中国马铁菊头蝠遗传多样性较低，等位基因丰富度仅为2.4-3.6，平均观察杂合度为0.38，暗示了中国大陆马铁菊头蝠种群数量逐渐减少，分布呈现片断化趋势。同时，遗传变异分析显示，所有种群间出现了不同水平的遗传分化，且均达到了极显著水平。但这种遗传变异主要来自种群内部，说明种群内个体间差异较大。邻接树分析和贝叶斯聚类将14个种群划分为3个谱系:东北部、中东部和西南部;分子变异分析发现，3个区域间的遗传变异达到了极显著水平，但是种群内的遗传差异对整体变异的贡献率最大;经Mantel检验发现，种群间的遗传距离与其地理距离呈现极显著的正相关性，即种群符合地理距离隔离模型(IBD)，这暗示了地理距离可能是导致种群分化的原因之一。从地理障碍上看，秦岭明显阻隔了东部群体与西南部群体间的基因交流，导致群体分化。　　马铁菊头蝠在中国大陆呈现不同的分布格局，3个谱系所处地理位置，其地形、气候等因素相差较大，结合前人的研究成果，推测这3个谱系可能代表不同的冰期避难所，因此，应将其划分为3个不同的管理单元。然而，微卫星数据表明这3个谱系的遗传多样性相差不大，故从保护的角度，应给予同等程度的重视与关注。