紫菜(Porphyra)属红藻门(Rhodophyta)红毛菜科(Bangiacea),广泛分布于从寒带到亚热带的潮间带水域,是海藻栽培业的主要对象,具有重要的经济价值。近年来,随着紫菜栽培业规模的逐年扩大,人们对紫菜栽培的科技含量,尤其是对优良品种的供应和科学管养技术的开发等方面要求越来越高。然而,由于多年来紫菜养殖基本基本从野生系获取种菜,缺乏必要的品种选育,所以大量栽培的紫菜不仅对环境的适应能力以及抗病害的能力有所下降,而且对周边地区的自然种造成了影响及污染。所以,应该及时有效地利用分子生物学手段对我国沿海紫菜资源进行遗传多样性调查,了解各个自然种及养殖种的遗传特性并寻找其特异性标记,以便品种选育及改良,种质资源保护等工作方面顺利展开。本研究采用RAPD和AFLP方法对中国沿海野生的条斑紫菜、坛紫菜、半叶紫菜华北变种、铁钉紫菜、圆紫菜、长紫菜和皱紫菜等7种紫菜进行遗传多样性分析,比较其遗传差异。从AFLP表达图谱中筛选出11条特异性谱带制成DNA指纹图谱将紫菜鉴别到种。对五个不同水域的条斑紫菜进行了AFLP分析,比较了个体之间的遗传相似性和遗传距离,探讨其基因流动趋势并寻找合适的特异性标记。应用AFLP技术对浙闽两省野生坛紫菜及养殖坛紫菜的两个分化类型进行了遗传变异分析,并寻找与生长性状相关的标特异性记,为遗传育种、种质鉴定以及生物多样性保护等工作提供重要依据。本研究为国内与国际首次将AFLP技术应用到紫菜的分子遗传学研究中,填补了藻类遗传学和分子生物学在该领域的空白,具有重要意义。